公司擅自更换工资发放主体，员工能否获得赔偿以及赔偿的具体数额，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、法律背景与原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同一旦签订，即具有法律约束力，双方应当按照劳动合同的约定履行各自的义务。其中，工资支付是用人单位的重要义务之一，且工资支付主体通常应与劳动合同中的用人单位一致。
如果公司擅自更换工资发放主体，可能构成对劳动合同的变更。根据《劳动合同法》第三十五条的规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。因此，未经劳动者同意，公司擅自更换工资发放主体，可能违反了劳动合同的约定和法律的规定。
二、赔偿的可能性与计算
如果更换工资发放主体未影响员工权益：
- 如果更换后的工资发放主体仍然能够按时、足额支付员工工资，且员工的社保、公积金等福利待遇未受影响，那么员工可能难以主张赔偿。
如果更换工资发放主体影响了员工权益：
- 工资支付问题：如果更换后导致工资支付延迟、不足额或停止支付，员工可以要求公司支付拖欠的工资，并可能根据《劳动合同法》第八十五条的规定，要求公司支付赔偿金。赔偿金的计算方式通常为：拖欠工资数额×一定比例（如50%至100%，具体比例根据地区和案件情况而定）。
- 社保、公积金问题：如果更换后导致员工的社保、公积金等福利待遇受到影响，员工可以要求公司补缴或赔偿因此造成的损失。
- 合同解除与经济补偿：如果公司擅自更换工资发放主体的行为构成根本违约，导致员工无法继续履行劳动合同，员工可以解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。经济补偿的计算方式通常为：员工在公司的工作年限×员工上一个月的工资标准（或前十二个月的平均工资标准，具体根据地区和案件情况而定）。
三、实际操作建议
与公司协商：
- 首先，员工可以尝试与公司进行协商，要求公司恢复原来的工资发放主体或确保新的工资发放主体能够按时、足额支付工资，并保障员工的社保、公积金等福利待遇。
收集证据：
- 如果协商无果，员工应开始收集相关证据，如劳动合同、工资条、银行流水、社保缴纳记录等，以证明公司擅自更换工资发放主体的事实以及因此造成的损失。
寻求法律援助：
- 员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司承担相应的法律责任。在必要时，员工也可以咨询专业律师（如我，吴培树律师，专注于劳动纠纷领域），以获取更具体的法律建议和帮助。
总结来说，公司擅自更换工资发放主体是否构成赔偿以及赔偿的具体数额，取决于更换后是否影响了员工的权益。如果影响了员工的权益，员工可以根据具体情况要求公司支付拖欠的工资、赔偿金、经济补偿等。在处理此类问题时，建议员工先与公司协商，收集证据，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。