结论：员工在职期间因休年假被扣全勤奖，是否可以追回需分情况讨论，主要取决于公司规章制度是否合法合理以及劳动合同的具体约定。
若公司规章制度合法且劳动合同有明确约定：
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法》的规定，员工依法享受的年休假期间，用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资。这意味着，年休假是员工的法定权利，公司不应因此扣减全勤奖或其他工资性收入。
- 如果公司的规章制度中明确规定了休年假不扣全勤奖，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，同时劳动合同中也有相应的约定，那么公司扣减全勤奖的行为就是违法的，员工有权要求公司补发。
若公司规章制度不合法或劳动合同无明确约定：
- 如果公司的规章制度中规定了休年假要扣全勤奖，但这一规定违反了法律法规的强制性规定（如上述的《企业职工带薪年休假实施办法》），那么这一规定是无效的，员工同样有权要求公司补发全勤奖。
- 如果劳动合同中没有明确约定休年假是否扣全勤奖，而公司的规章制度又存在违法情形，员工也可以依据相关法律法规要求公司补发。在此情况下，员工还可以与公司进行协商，或者向劳动监察部门投诉，甚至通过法律途径解决争议。
实际操作建议：
- 员工应首先查阅自己的劳动合同和公司的规章制度，了解其中关于年休假和全勤奖的具体规定。
- 如果发现公司的规定违反了法律法规或劳动合同的约定，员工可以与公司的人力资源部门或上级进行沟通，要求公司补发全勤奖。
- 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，员工在职期间因休年假被扣全勤奖，是否可以追回取决于公司规章制度是否合法合理以及劳动合同的具体约定。如果公司的规定违反了法律法规或劳动合同的约定，员工有权要求公司补发全勤奖。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。