结论：商铺签了三年合同，租了三个月后超过15天按三月算是否合理，这主要取决于租赁合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。若合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则通常是合理的；若合同中没有明确约定或约定违反法律法规，则可能不合理。
分析说明：
合同约定优先：
- 在租赁合同中，双方可以就租金支付方式、租赁期限、提前解约等事项进行明确约定。如果合同中明确规定了“租了三个月后超过15天按三月算”的条款，且该条款是双方真实意思的表示，不违反法律法规的强制性规定，那么该条款就是有效的，双方应当遵守。
法律法规的强制性规定：
- 即使合同中有相关约定，但如果该约定违反了法律法规的强制性规定，如《民法典》中关于租赁合同的规定，那么该约定可能是无效的。例如，如果合同中的约定导致租金计算方式显失公平，或者侵犯了承租人的合法权益，那么该约定可能不会被法律所认可。
公平原则与诚实信用原则：
- 在租赁合同中，双方应当遵循公平原则和诚实信用原则。如果合同中的约定明显偏向一方，导致另一方利益受损，那么该约定可能因违反公平原则而被视为不合理。同时，如果一方在合同履行过程中存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意思的情况下签订了合同，那么该合同或相关条款也可能被视为无效。
特殊场景：
- 如果合同中没有明确约定“租了三个月后超过15天按三月算”的条款，那么出租人无权单方面要求承租人按照三个月支付租金。此时，双方应当根据实际租赁天数来计算租金。
建议与行动：
审查合同条款：
- 承租人应当仔细审查租赁合同中的各项条款，特别是关于租金支付方式、租赁期限等关键条款。如果合同中有不明确或存在歧义的条款，应当及时与出租人进行沟通并明确约定。
协商与调解：
- 如果双方在合同履行过程中发生争议，应当首先尝试通过协商和调解的方式解决。双方可以就争议事项进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律救济：
- 如果协商和调解无法解决争议，承租人可以向人民法院提起诉讼或根据合同约定申请仲裁，以维护自己的合法权益。在诉讼或仲裁过程中，承租人需要提供充分的证据来证明自己的主张。
相关法规：
- 根据《民法典》的相关规定，租赁合同是出租人将租赁物交付承租人使用、收益，承租人支付租金的合同。租赁合同的内容一般包括租赁物的名称、数量、用途、租赁期限、租金及其支付期限和方式等条款。双方应当遵循公平原则和诚实信用原则来签订和履行合同。
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