结论：关于“租赁合同不低90天按九十天算是否合法”的问题，这主要取决于租赁合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。如果合同中明确约定了租赁期限不得低于90天，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这样的约定是合法的。反之，如果合同中没有这样的约定，或者该约定违反了法律法规的强制性规定，那么这样的约定则可能不合法。
分析说明：
合同约定优先：
- 在租赁合同中，双方当事人可以自由约定租赁期限、租金支付方式等条款，只要这些约定不违反法律法规的强制性规定，就具有法律效力。
- 如果合同中明确约定了“租赁期限不得低于90天，否则按90天计算”，且这一约定是双方真实意思的表示，没有欺诈、胁迫等情形，那么这样的约定是合法的。
法律法规的强制性规定：
- 租赁合同的内容必须遵守相关法律法规的强制性规定。例如，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，租赁期限不得超过二十年。超过二十年的，超过部分无效。
- 如果合同中的约定违反了法律法规的强制性规定，如约定了过长的租赁期限或者不合理的租金支付方式等，那么这样的约定是无效的。
实际履行中的情况：
- 即使合同中约定了“租赁期限不得低于90天，否则按90天计算”，但在实际履行过程中，如果双方当事人协商一致，也可以对租赁期限进行变更。
- 如果一方当事人违反合同约定，提前终止租赁合同，那么另一方当事人有权要求其承担违约责任，包括赔偿损失等。
法律建议：
- 在签订租赁合同时，双方当事人应当仔细阅读合同条款，确保合同内容符合自己的真实意思表示，并且不违反法律法规的强制性规定。
- 如果对合同条款有疑问或者不确定的地方，可以咨询专业律师或者相关机构进行解释和说明。
- 在实际履行过程中，如果双方当事人对合同条款有争议或者需要变更合同内容，应当及时协商并签订书面协议，以避免不必要的纠纷和损失。
可能后果：
- 如果合同中的约定合法有效，且双方当事人按照约定履行了合同义务，那么租赁关系将平稳进行，不会产生法律纠纷。
- 如果合同中的约定违法或者无效，或者一方当事人违反合同约定，那么另一方当事人有权要求其承担法律责任，包括赔偿损失、支付违约金等。在严重的情况下，还可能涉及法律诉讼和仲裁等程序。