行政公益诉讼中，法院确实可以只判决行政行为违法，而不撤销该行政行为。这一结论基于《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，并体现在多种具体情形中。以下是对此问题的详细分析：

一、判决确认违法的法律依据

根据《行政诉讼法》第七十四条，行政行为有下列情形之一的，人民法院判决确认违法，但不撤销行政行为：

1. 撤销会损害公共利益：若撤销该行政行为会对国家利益或社会公共利益造成重大损害，法院将判决确认其违法，但保留其效力。
2. 程序轻微违法：行政行为在程序上存在轻微违法，但对原告权利未产生实际影响，法院同样会判决确认其违法，而不撤销。

此外，对于以下情形，法院也将判决确认违法，且无需撤销或判决履行：

1. 不具有可撤销内容：行政行为违法，但已无法撤销，例如行政行为已经执行完毕且无法恢复原状。
2. 原行为已改变：被告已改变原违法行政行为，但原告仍要求确认原行为违法，法院将判决确认原行为违法。
3. 履行无意义：被告不履行或拖延履行法定职责，且判决履行已无实际意义，法院将判决确认被告的不作为违法。

二、行政公益诉讼中的特殊考量

在行政公益诉讼中，由于诉讼目的往往涉及保护国家利益和社会公共利益，因此法院在判决时可能会更加谨慎地权衡撤销行政行为可能带来的后果。如果撤销行政行为会损害公共利益，或者行政行为程序轻微违法但对公共利益无实质性影响，法院可能会选择只判决确认行政行为违法，而不撤销。

三、法律后果与补救措施

当行政行为被判决违法后，法院还可能根据具体情况，判决被告采取必要的补救措施。这些补救措施可能包括停止违法行为、恢复原状、赔偿损失等。如果违法行为给原告（在行政公益诉讼中，原告可能是检察机关或符合条件的社会组织）或公共利益造成了损失，法院还将依法判决被告承担赔偿责任。

四、实际案例与启示

在实际案例中，法院会根据行政行为的具体情况、违法程度以及撤销可能带来的后果等因素，综合判断是否只判决确认违法。例如，在某些环境公益诉讼中，如果撤销某个行政许可会导致已经进行的环保项目停工，进而对环境造成更大损害，法院可能会选择只判决确认该行政许可违法，并要求被告采取补救措施。

总结与建议：

行政公益诉讼中，法院有权根据具体情况只判决行政行为违法，而不撤销。这一判决方式既体现了法律对行政行为的严格监督，又兼顾了公共利益的保护。如果您在行政公益诉讼中遇到相关问题，或需要进一步了解行政诉讼的具体流程和法律规定，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供全面、准确的法律建议。