结论：约定“分包结算在甲方与业主结算后进行”这一条款，其有效性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合同自由原则角度：
- 在民事法律关系中，合同双方享有合同自由，即有权在法律允许的范围内自由约定合同条款。因此，如果双方在合同中明确约定了“分包结算在甲方与业主结算后进行”，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款原则上是有效的。
合同履行可能性角度：
- 然而，合同的有效性不仅取决于其形式上的合法性，还取决于其实际履行的可能性。如果甲方与业主的结算时间不确定或长期拖延，导致分包结算无法按时进行，这可能会损害分包方的合法权益。在这种情况下，分包方可能会主张该条款显失公平或存在其他法定无效情形，从而请求法院或仲裁机构确认该条款无效或进行变更。
公平原则角度：
- 合同应当遵循公平原则，确保合同双方的权利义务对等。如果“分包结算在甲方与业主结算后进行”这一条款导致分包方承担了过大的风险或不确定性，而甲方则因此获得了不合理的利益，那么该条款可能因违反公平原则而被认定为无效或需要调整。
实际操作建议：
- 为了避免潜在的法律纠纷，双方在签订合同时可以明确约定甲方与业主结算的具体时间或条件，以及分包结算的具体方式和时间节点。同时，也可以考虑设置一些保障条款，如违约金、赔偿损失等，以约束双方的行为并保障各自的合法权益。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方应当遵循诚实信用原则，按照约定履行自己的义务。如果合同条款存在歧义或不明确之处，双方可以协商补充或修改；如果协商不成，可以请求法院或仲裁机构进行裁决。
- 在实际操作中，建议双方在签订合同前充分沟通并明确各自的权利义务，以确保合同的合法性和有效性。如果遇到复杂的法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取专业的法律意见和帮助。
可能法律后果：
- 如果该条款被认定为有效，则双方应当按照约定履行各自的义务；如果一方不履行或履行不符合约定，则应当承担相应的违约责任。
- 如果该条款被认定为无效或需要调整，则法院或仲裁机构会根据实际情况和公平原则进行裁决，以保障双方的合法权益。
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