该条款的约定在一定条件下是有效的。以下是对该问题的详细分析：

1. 合同条款的自主性：

   • 在建设工程的专业分包合同中，发包方与分包方可以基于双方的真实意思表示，自主约定结算条款。
   • “结算总价不得超过发包方与建设单位结算总价”这一条款，实质上是发包方对分包方结算金额的一种限制，体现了发包方对成本控制的考虑。

2. 合法性与有效性：

   • 只要该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫等导致合同无效的情形，该条款即具有法律效力。
   • 双方应当遵循诚实信用原则，按照约定履行各自的义务。

3. 实践中的考量：

   • 在实际操作中，该条款的有效性可能受到多种因素的影响，如合同条款的具体表述、双方的实际履行情况、行业惯例等。
   • 如果分包方在签订合同时已经充分了解并接受了这一条款，且在实际施工过程中没有提出异议，那么该条款在双方之间是具有约束力的。

4. 风险与应对：

   • 对于分包方而言，接受这一条款可能意味着需要承担一定的风险，因为结算总价受到限制，可能会影响其利润空间。
   • 分包方可以在签订合同时与发包方进行协商，争取更有利的结算条款，或者在施工过程中通过加强成本管理、提高效率等方式来降低风险。

综上所述，“专业分包合同中约定结算总价不得超过发包方与建设单位结算总价”这一条款，在符合法律、行政法规规定且双方真实意思表示一致的情况下，是有效的。双方应当遵循合同约定，诚信履行各自的义务。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。