可以申请仲裁要求单位补缴社保，即使双方已签订解除劳动合同协议。以下是详细分析：

1. 社保缴纳是法定义务，不因解除合同而免除
   根据《社会保险法》第58条、第60条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记并缴纳社保费，该义务不因双方协商解除合同或员工签署放弃声明而无效。即使解除合同协议中约定“双方无争议”，若涉及社保未缴问题，该条款可能因违反法律强制性规定而被认定无效。

2. 仲裁时效的特殊规则
   社保补缴争议属于行政征收范畴，但实践中劳动仲裁机构通常会受理此类请求。需注意：

   • 时效限制：根据《劳动争议调解仲裁法》第27条，劳动争议申请仲裁的时效为1年，从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起计算。但社保补缴可能适用“特殊时效”：若单位从未缴纳社保，时效从劳动关系终止之日起算1年；若部分月份未缴，则每笔欠缴均从应缴之日起算时效。
     
   • 证据要求：需提供劳动合同、工资流水、工作证等证明劳动关系及工作年限的证据，以确定补缴基数和期限。

3. 操作建议

   • 优先协商：可先与单位沟通，要求其向社保部门补缴欠费（单位需承担单位部分+滞纳金，个人需补缴个人部分）。
     
   • 申请仲裁：若协商无果，需在时效内向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动仲裁委提交申请，明确请求补缴的险种、期限及金额（需附社保部门核算的明细）。
     
   • 行政投诉：同步向当地社保稽核部门投诉，双管齐下提高处理效率。

提示：若解除合同协议中已明确约定“社保已结清”，需审查该条款是否存在欺诈、胁迫或显失公平情形。若有，可在1年内申请撤销该条款后主张补缴；若无，则可能面临败诉风险，需结合具体协议内容评估。如有进一步证据或疑问，可随时向我补充说明。