公司因自身原因全体员工放假扣底薪是否合法，需根据具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、一个工资支付周期内
若公司因自身原因（如订单不足、设备检修等）安排员工放假，且放假时间未超出一个工资支付周期（通常为一个月），根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《中华人民共和国劳动合同法》第三十条的规定，公司应按劳动合同约定的标准支付员工工资，此时扣底薪是不合法的。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
举例说明：
- 假设员工的月工资约定为5000元，若公司因自身原因在一个月内安排员工放假，员工应获得全额5000元工资，公司不得扣减底薪。
二、超过一个工资支付周期
若放假时间超出一个工资支付周期，情况则相对复杂，需分两种情形讨论：
员工提供正常劳动：
- 若员工在放假期间提供了正常劳动（如远程办公、参与公司安排的其他任务等），公司支付的报酬不得低于当地最低工资标准。此时，若公司扣底薪导致员工工资低于最低工资标准，则是不合法的。
员工未提供正常劳动：
- 若员工在放假期间未提供正常劳动，公司应按当地规定支付生活费。生活费的标准通常不低于最低工资的一定比例（如70%-80%，具体依地方规定）。在此情况下，若公司按规定支付了生活费，扣底薪（实际为未支付全额工资，但以生活费形式支付）不属于违法；但若公司支付的生活费低于法定标准，或未支付任何费用，则是不合法的。
- 举例说明：
- 假设当地最低工资标准为2000元/月，生活费标准为最低工资的80%，即1600元/月。若公司因自身原因安排员工放假超过一个月，且员工未提供正常劳动，公司应支付至少1600元/月的生活费。若公司实际支付低于此标准，或扣减了底薪导致员工收入低于此标准，则是不合法的。
三、劳动者维权途径
若公司存在不当扣薪行为，劳动者可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与公司协商：
- 劳动者首先应与公司协商沟通，要求公司说明扣薪原因并提供依据。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁：
- 劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，公司因自身原因全体员工放假扣底薪是否合法，需根据放假时间、员工是否提供正常劳动以及当地规定的生活费标准等因素综合判断。若你遇到此类情况，且不确定公司的做法是否合法，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律建议。