工伤职工的年终奖一般不应被扣发，但具体是否扣发需结合单位的合法规章制度、劳动合同约定以及实际情况进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
法律依据与工伤待遇原则
《工伤保险条例》的明确规定：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇应保持不变，由所在单位按月支付。年终奖作为工资福利待遇的重要组成部分，理应包含在内，不应在工伤期间被扣除。
工伤待遇原则的保障：
- 工伤保险的核心目的是为因工受伤的职工提供医疗救治和经济补偿，确保其基本生活和权益不受损害。因此，扣发工伤职工的年终奖将违背这一基本原则，影响工伤职工的经济权益和康复积极性。
单位规章制度与公平合理原则
合法合理的规章制度：
- 单位在制定年终奖发放制度时，应遵循法律法规的强制性规定，并确保制度的合法性和合理性。如果规章制度中明确规定了年终奖的发放条件（如与工作表现、业绩完成情况挂钩），且这些规定不违反法律，那么在工伤职工确实因工伤无法完成工作任务或业绩不达标的情况下，单位可根据制度进行相应调整。但这种制度必须经过民主程序制定并向职工公示或告知。
公平合理原则的考量：
- 从公平合理的角度出发，工伤是职工在工作过程中不幸遭遇的事故，职工本身是受害者。若仅因工伤就扣除年终奖，对工伤职工而言显然是不公平的，也不符合社会公正和保障职工合法权益的原则。
特殊情况的考虑
- 尽管一般情况下工伤职工的年终奖不应被扣发，但在某些特殊情况下，如单位的年终奖发放有明确的考核标准，且工伤职工因受伤确实未能达到相应考核要求（如因工伤长时间缺勤影响了单位整体业绩分配等），单位可依据合法有效的规章制度和考核结果来确定是否发放及发放的数额。然而，这种情况应是极少数且有充分合理依据的，单位在做出决定时应谨慎并充分考虑工伤职工的实际情况和权益。
实际操作建议
- 与单位沟通：如果工伤职工担心年终奖被扣发，首先应与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解单位的规章制度和年终奖发放政策。
- 查阅劳动合同：工伤职工应仔细查阅自己的劳动合同，看其中是否有关于年终奖发放的具体约定。
- 寻求法律援助：如果单位无正当理由扣发年终奖，工伤职工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
综上所述，工伤职工的年终奖一般不应被扣发，但具体是否扣发需结合单位的合法规章制度、劳动合同约定以及实际情况进行综合判断。在遇到此类问题时，工伤职工应积极与单位沟通并查阅相关法律法规和合同条款，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。