工伤职工的年终奖一般不应被扣发。下面我将从法律依据、单位规章制度与公平合理原则，以及特殊情况考虑等角度，为您详细解释这一结论。
法律依据明确：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，其原工资福利待遇应保持不变，由所在单位按月支付。年终奖作为工资福利待遇的重要组成部分，理应包含在内，不应在工伤期间被扣除。
单位规章制度与公平合理原则：
- 单位在制定年终奖发放制度时，应遵循法律法规的强制性规定，并确保制度的合法性和合理性。如果规章制度中明确规定了年终奖的发放条件，且这些规定不违反法律，那么在工伤职工确实因工伤无法完成工作任务或业绩不达标的情况下，单位可根据制度进行相应调整，但这种调整必须遵循公平合理原则，不能仅因工伤就随意扣发年终奖。
- 从公平合理的角度出发，工伤是职工在工作过程中不幸遭遇的事故，职工本身是受害者。扣发工伤职工的年终奖将违背社会公正和保障职工合法权益的原则。
特殊情况的考虑：
- 尽管一般情况下工伤职工的年终奖不应被扣发，但在某些特殊情况下，如单位的年终奖发放有明确的考核标准，且工伤职工因受伤确实未能达到相应考核要求（如因工伤长时间缺勤影响了单位整体业绩分配等），单位可依据合法有效的规章制度和考核结果来确定是否发放及发放的数额。
- 然而，这种情况应是极少数且有充分合理依据的，单位在做出决定时应谨慎并充分考虑工伤职工的实际情况和权益。
综上所述，工伤职工的年终奖一般不应被扣发。如果单位有扣发年终奖的行为，建议工伤职工首先与单位进行沟通协商，了解扣发的原因和依据。如果沟通无果或认为扣发行为不合法，可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。