结论：合同中约定“日结工资且社保自行缴纳”的条款是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 从社保缴纳义务的角度分析
   根据《社会保险法》第五十八条、第六十条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，并承担单位应缴纳的部分（如养老保险、医疗保险、失业保险的单位缴费比例），员工仅需承担个人部分。若合同约定完全免除用人单位的社保缴纳义务，转由员工自行缴纳全部费用（包括单位应缴部分），则该条款因违反法律强制性规定而无效。即使员工签字同意，用人单位仍可能面临社保部门责令补缴、滞纳金甚至罚款的风险。

2. 从工资支付形式的角度分析
   日结工资本身不违法，但需满足《劳动法》第五十条关于“工资至少每月支付一次”的最低要求。若用人单位通过日结形式支付工资，但未将社保单位缴费部分折算到工资中（即员工实际收入未包含单位应缴社保费用），则可能涉嫌变相降低工资标准，违反《劳动合同法》第三十条关于“及时足额支付劳动报酬”的规定。

3. 从实务操作的角度分析
   若用人单位与员工协商一致，将社保单位缴费部分以工资形式发放给员工，并由员工自行以灵活就业人员身份缴纳社保（此时员工需承担全部费用，但用人单位需留存工资发放记录、员工签字确认书等证据），这种操作虽不直接违法，但存在两大风险：

   • 员工可能事后以“未依法缴纳社保”为由主张经济补偿金（《劳动合同法》第三十八条、第四十六条）；
     
   • 若员工未实际缴纳社保，发生工伤、医疗等情形时，用人单位仍需承担工伤保险待遇等赔偿责任（《社会保险法》第四十一条）。

建议：

• 对用人单位而言，应依法为员工缴纳社保，可通过调整工资结构（如将部分工资转为社保补贴）降低用工成本，但需确保员工实际收入不低于当地最低工资标准；
  
• 对员工而言，若合同中存在此类条款，可要求用人单位修改或补充约定社保缴纳方式，并保留工资条、社保缴费记录等证据，以维护自身权益。
  

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