核心结论：公司主体变更后两个月才让员工签署自愿离职申请并重新签新合同，工龄是否连续计算需分情况讨论，关键在于是否符合“非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位”这一法定情形。

1. 若符合“非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位”的情形
   根据《劳动合同法实施条例》第十条及《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十六条，若公司主体变更（如合并、分立、股权转让等）后，员工系被原公司安排至新公司工作，且未获得经济补偿，则工龄应连续计算。此时，即使员工签署了自愿离职申请并重新签订合同，只要能证明离职和入职是公司安排的连贯行为（如公司通知、工作交接记录等），工龄仍可从原公司入职之日起算。
   建议：员工应保留原劳动合同、工资记录、社保缴纳记录、公司主体变更通知等证据，以证明劳动关系转移的非自愿性。

2. 若不符合“非因本人原因”的情形
   若员工系主动自愿离职（如因个人原因提出辞职），或公司通过欺诈、胁迫等手段迫使员工签署离职申请，则工龄可能无法连续计算。此时，新合同下的工龄将从重新入职之日起算，原公司工龄不纳入新公司工龄。
   注意：若公司以“不签离职申请就不安排入职新公司”等理由胁迫员工，可能构成违法解除劳动关系，员工可主张赔偿金（2N）或要求继续履行原合同。

3. 特殊情形：公司未履行告知义务
   若公司在主体变更时未明确告知员工工龄处理方式，或隐瞒变更事实导致员工误签离职申请，可能构成欺诈。根据《劳动合同法》第二十六条，此类合同可能被撤销，工龄仍应连续计算。
   建议：员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求确认原劳动关系存续期间及工龄连续性。

行动建议：

• 立即收集证据（如原合同、工资条、社保记录、公司通知、沟通记录等）；
  
• 书面要求公司出具工龄连续计算的书面承诺；
  
• 若公司拒绝，可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，主张工龄连续计算及相应权益（如未休年假工资、经济补偿等）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体证据为您详细分析。