结论：员工持股协议中约定员工离职时由普通合伙人按原始出资回购的条款，在符合法律规定且不违反强制性规定、不损害他人利益的情况下，通常是合法的。但具体合法性还需结合协议内容、公司章程、相关法律法规及实际情况综合判断。

分析：

1. 协议自治原则：

   • 在民事法律关系中，协议自治是一项基本原则。只要双方当事人在平等、自愿的基础上达成协议，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，该协议就是有效的。
   • 员工持股协议中关于离职时回购的条款，如果双方自愿达成，且没有违反上述原则，那么该条款在法律上是有效的。

2. 公司章程与股东协议的关系：

   • 公司章程是公司的基本法律文件，对全体股东具有约束力。如果公司章程中对于员工持股及离职时的处理有明确规定，那么员工持股协议中的相关条款应当与公司章程保持一致。
   • 如果公司章程没有相关规定，或者员工持股协议中的条款与公司章程不冲突，那么该条款在法律上也是有效的。

3. 回购条款的合法性考量：

   • 回购条款本身并不违法，但需要关注其是否违反了公司法、证券法等相关法律法规的强制性规定。例如，如果回购行为导致公司资本减少，且未按照法定程序进行减资，那么该回购行为可能因违法而无效。
   • 此外，还需要关注回购条款是否损害了其他股东或债权人的利益。如果回购价格明显低于市场价格，或者回购行为导致公司财务状况恶化，那么该条款可能因损害他人利益而被认定为无效。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在制定员工持股协议时，应当明确回购的具体条件、价格、程序等，以避免未来产生纠纷。
   • 回购价格应当合理，通常可以参考员工持股时的出资价格、公司当前的净资产值、市场估值等因素进行确定。
   • 如果涉及大量员工的持股回购，还需要考虑公司财务状况、现金流等实际情况，以确保回购行为的可行性。

建议：

• 在制定或审查员工持股协议时，建议咨询专业律师，以确保协议内容的合法性、有效性和可操作性。
• 如果员工对协议中的回购条款有疑问或异议，应当及时与律师沟通，了解自己的权利和义务，避免未来产生不必要的纠纷。
• 在实际操作中，公司应当严格按照协议约定和法律规定进行回购操作，确保回购行为的合法性和合规性。

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