单位与员工持股的公司合作，在法律上是合法的。不过，这种合作关系的合法性及具体操作，会受到多种因素的影响，下面我将从几个关键角度为你详细分析：

1. 合作形式的合法性：

   • 单位与员工持股的公司之间的合作，可以采取多种形式，如股权合作、业务合作、技术合作等。这些合作形式本身在法律上都是被允许的，只要它们不违反法律法规的强制性规定，如反垄断法、公司法等相关规定。
   • 例如，如果双方通过股权转让或增资扩股的方式进行合作，那么需要确保股权转让或增资的程序合法，符合公司章程和公司法的规定，如股东会决议、股权变更登记等。

2. 员工持股的合法性：

   • 员工持股计划本身也是合法的，它通常被视为一种激励机制，用于激发员工的工作积极性和忠诚度。然而，员工持股计划的实施需要遵守相关法律法规，如证券法、公司法等，确保持股计划的公平、公正、公开，避免利益输送和内幕交易等违法行为。
   • 在合作过程中，如果涉及到员工持股的变动，如股权转让、增资等，也需要确保这些变动符合法律法规和公司章程的规定。

3. 合作协议的合法性：

   • 单位与员工持股的公司之间的合作，通常需要签订合作协议来明确双方的权利和义务。合作协议的内容需要合法合规，不得违反法律法规的强制性规定，如不得约定非法利益输送、不得违反公平竞争原则等。
   • 合作协议中还应明确合作的具体内容、合作期限、利益分配方式、违约责任等关键条款，以确保合作的顺利进行和双方权益的保障。

4. 税务和财务的合规性：

   • 在合作过程中，双方还需要关注税务和财务的合规性。例如，股权转让可能涉及所得税的缴纳，业务合作可能涉及增值税、企业所得税等税种的缴纳。双方需要确保按照税法规定及时足额缴纳税款，避免税务风险。
   • 同时，双方还需要确保财务记录的准确性和完整性，以便在需要时提供合法的财务证明和审计报告。

建议：

• 在进行合作前，双方应充分了解并遵守相关法律法规和政策规定，确保合作的合法性和合规性。
• 双方可以签订详细的合作协议，明确各自的权利和义务，以及合作的具体内容和方式，以减少合作过程中的不确定性和风险。
• 在合作过程中，双方应保持良好的沟通和协作，及时解决合作中出现的问题和纠纷，确保合作的顺利进行。

如果你在合作过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律服务。