针对借款合同中约定利息个人所得税由借款人承担，而法官理解不一致的情况，可通过以下途径进行救济：

1. 上诉或申请再审
   若一审判决已生效且法官对条款理解存在明显错误（如将“个人所得税承担方”误解为利息性质变更），可在法定期限内提起上诉或申请再审。需重点论证：

   • 合同条款的明确性：提供合同原文、签署背景证据（如谈判记录、邮件往来），证明双方对税款承担有明确合意；
     
   • 法律适用正确性：引用《个人所得税法》第九条（“个人所得税以所得人为纳税人”），说明税款实际缴纳义务与合同约定承担方的区分；
     
   • 法官理解偏差的依据：通过类案检索（如最高人民法院公报案例）证明类似条款通常被认定为有效，反驳一审对条款效力的否定。

2. 申请检察监督
   若判决存在《民事诉讼法》第二百零七条规定的情形（如适用法律错误、违反法定程序），可向检察院申请检察建议或抗诉。需提交：

   • 判决文书及上诉/再审被驳回的证明；
     
   • 专家意见书或税务机关出具的书面说明，证明合同约定不违反税收强制性规定；
     
   • 对方在诉讼中是否存在虚假陈述或证据伪造的线索。

3. 另案主张权利
   若因法官理解导致己方多承担税款，可单独提起不当得利之诉或合同纠纷之诉，要求对方返还多支付的款项。需注意：

   • 诉讼时效：自知道或应当知道权利受损之日起3年内起诉；
     
   • 证据链完整性：保留税款缴纳凭证、合同履行记录、沟通记录等，证明实际损失与对方获益的因果关系。

实务建议：

• 在合同起草阶段，建议明确约定“借款人承担的税款为代扣代缴义务，不影响出借人实际收益”，并附加税务机关备案条款；
  
• 争议发生后，优先通过税法专业鉴定或税务律师意见书固定关键证据，增强法官对条款合法性的认可；
  
• 若对方拒绝履行判决，可申请强制执行并要求对方支付迟延履行期间的债务利息。

如有进一步证据材料或具体案情需要分析，可直接向我提供细节，我将结合《民法典》合同编及税收法律实务为您制定应对方案。