关于员工在车间打架，单位是否可以进行罚款以及这种罚款是否合法的问题，这确实是一个涉及劳动法与员工权益的重要议题。以下是我为您提供的详细分析：
一、单位直接罚款的合法性
在大多数情况下，单位直接对员工打架行为进行罚款是不合法的。这是因为，根据《劳动法》及《劳动合同法》的相关规定，用人单位并非行政执法机构，不具备对劳动者进行经济处罚（如罚款）的法定权力。罚款作为行政处罚手段，应由具有行政执法权的行政机关来实施。
二、规章制度中的罚款条款
虽然单位直接罚款可能不合法，但如果单位的规章制度中明确规定了员工打架的罚款措施，并且这些规章制度经过了民主程序制定与公示，那么在一定条件下，这些规章制度可能对员工具有约束力。但即便如此，罚款金额也必须在合理范围内，且不能违反法律法规的强制性规定，比如不得超过员工当月工资的20%等限制。不过，即便规章制度中有相关规定，单位也应谨慎使用罚款手段，以免侵犯员工的合法权益。
三、合法处理方式
面对员工打架行为，单位应采取更为合法且合理的处理方式：
立即制止：首先，单位应迅速制止打架行为，确保员工的人身安全。
调查核实：随后，单位应进行调查核实，了解事情的经过和原因，以便做出公正的处理。
依法处理：根据调查结果，单位可以依法对打架双方进行处理。如果情节严重，可以报警由公安机关处理。对于违反公司规章制度的员工，单位可以进行纪律处分，如警告、记过等，但应避免直接罚款。
解除劳动合同：在极端情况下，如果员工打架行为严重违反了公司规章制度，单位有权依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同。
四、员工权益保护
员工在面对单位的不当罚款时，有权通过合法途径维护自己的权益。这包括与单位进行协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等。员工应了解自己的法律权益，并在受到不公正对待时及时寻求法律援助。
五、综合建议
完善规章制度：单位应完善内部规章制度，明确员工打架等违纪行为的处理方式和程序，确保处理方式的合法性与合理性。
加强员工培训：通过加强员工培训，提高员工的法律意识和纪律观念，预防或减少员工违纪行为的发生。
选择合法处罚方式：如果确需对员工进行处罚，单位应选择合法且适当的处罚方式，如纪律处分等，避免侵犯员工权益。
维护良好工作环境：员工也应了解自己的法律权益与义务，遵守公司规章制度，共同维护良好的工作环境与秩序。
综上所述，单位对员工打架行为直接进行罚款在大多数情况下是不合法的。单位应依法依规处理员工违纪行为，确保处理方式既符合法律法规要求，又维护了员工的合法权益。