结论：未办理离职手续时，用人单位扣发工资通常是不合法的，但特殊情况下若劳动者给用人单位造成了实际损失或劳动合同及规章制度中有明确规定，则可能合法扣除部分工资。以下是对此问题的详细分析：
一、通常情况下不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资是劳动者付出劳动后的基本权利，应按月以货币形式支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。
- 《工资支付暂行规定》第九条也明确指出，劳动关系解除或终止时，用人单位应一次付清劳动者工资，说明工资的支付与是否办理离职手续无直接关联。
实际意义：
- 工资是劳动者劳动的报酬，用人单位无权因劳动者未办理离职手续而扣发工资。这是保护劳动者合法权益的基本原则。
二、特殊情况可能合法
劳动者给用人单位造成实际损失：
- 若劳动者未办理离职手续导致用人单位遭受实际损失，且用人单位能提供充分证据证明损失的存在和具体数额，根据劳动合同约定，用人单位有权要求劳动者赔偿经济损失。
- 扣除比例与限制：根据《工资支付暂行规定》第十六条，扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
劳动合同或公司规章制度中有明确规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了不办离职手续将扣发工资，并且这些规定合法有效（不违反法律法规的强制性规定），则用人单位在符合规定的前提下可能有权扣除部分工资。但这种情况较为少见，且需确保规定的合法性。
三、应对措施与建议
劳动者应对措施：
- 遇到用人单位以不办离职手续为由扣发工资的情况，劳动者首先应与用人单位协商解决，要求补发工资或解决争议。
- 协商不成时，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 若投诉未能解决问题，劳动者可提起劳动仲裁，通过法律途径解决争议。
- 对劳动仲裁结果不满的，劳动者还可依法向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
用人单位建议：
- 用人单位应完善劳动合同和公司规章制度，明确离职手续的相关规定，以及未办理离职手续可能产生的后果。
- 在处理此类问题时，用人单位应确保有充分的法律依据和证据支持，避免引发不必要的法律纠纷。
四、示例说明
假设某劳动者未办理离职手续擅自离职，给用人单位造成了5000元的实际损失。若该劳动者当月工资为3000元，则用人单位最多只能扣除600元（3000元的20%）作为赔偿，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若用人单位扣除的工资超过此限额或未提供充分证据证明损失的存在和具体数额，则其行为可能构成违法扣发工资。
总结：未办理离职手续时，工资的扣除需严格遵循法律法规。用人单位不得无故扣发工资，只有在劳动者因本人原因造成损失且能证明损失与劳动者行为之间存在因果关系时，才能按照规定扣除一定比例的工资作为赔偿。劳动者在面临工资被扣的情况时，应了解自己的权益，并通过合法途径维护自己的利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。