核心结论：停工留薪期满后康复期超过41天的医疗费计算，需结合地方规定、是否延长停工留薪期、是否属于工伤复发或旧伤复发等情形综合判断。以下是具体分析：

1. 停工留薪期与康复期的法律关系
   根据《工伤保险条例》第三十三条，停工留薪期一般不超过12个月，由劳动能力鉴定委员会确认。若伤情严重或情况特殊，可申请延长，但需经市级劳动能力鉴定委员会确认。

   • 若未申请延长：停工留薪期满后，职工应回岗工作或进行劳动能力鉴定。若继续治疗，医疗费可能需通过以下途径解决：
     
     • 工伤复发：若经鉴定属于工伤复发，医疗费由工伤保险基金支付（《工伤保险条例》第三十八条）；
       
     • 非工伤复发：若不属于工伤复发，医疗费可能需由职工自行承担，或通过医疗保险、商业保险等途径解决。
       
   • 若已申请延长：延长期间的医疗费仍由工伤保险基金支付，但需以劳动能力鉴定委员会确认的期限为准。

2. 康复期超过41天的具体处理

   • 地方规定差异：部分地区（如广东、江苏）明确规定，停工留薪期满后仍需治疗的，可申请延长停工留薪期，或进入康复期。康复期医疗费通常由工伤保险基金支付，但需符合以下条件：
     
     • 经劳动能力鉴定委员会确认需要康复治疗；
       
     • 在定点康复机构进行治疗；
       
     • 提供完整的医疗费用凭证。
       
   • 未确认康复期：若未经过劳动能力鉴定委员会确认，超出的41天医疗费可能无法通过工伤保险报销，需结合地方政策或与用人单位协商解决。

3. 实务建议

   • 立即申请延长或康复确认：若仍在治疗中，应尽快向劳动能力鉴定委员会申请延长停工留薪期或确认康复期，确保医疗费由工伤保险基金支付；
     
   • 保留医疗证据：保存所有医疗费用发票、诊断证明、病历等材料，以备后续申请报销或争议解决；
     
   • 协商或申诉：若用人单位或社保部门拒绝支付，可先协商解决；协商不成，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，或通过行政诉讼主张权利。

总结：康复期超过41天的医疗费能否报销，关键在于是否经过劳动能力鉴定委员会确认延长停工留薪期或康复期。建议尽快启动确认程序，并保留完整证据。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。