农户申请灾后重建的房屋转让是否合法，需分情况讨论：

1. 若房屋已取得完整产权且无转让限制，则转让合法
   灾后重建的房屋若已通过合法程序完成产权登记（如取得房产证），且当地政策未对转让作出特殊限制（如限售期、特定受让主体要求等），则农户作为产权人可依法自由转让房屋。此时转让行为受《民法典》中物权编、合同编保护，买卖双方签订的合同合法有效。

2. 若房屋未取得产权或存在转让限制，则转让可能违法

   • 未完成产权登记：若房屋仅处于重建阶段或尚未办理产权证，农户对房屋仅有使用权而无完整处分权，此时转让可能构成无权处分，合同效力待定（需原产权人追认或事后取得产权）。
     
   • 政策限制：部分地区为保障灾后重建资源分配公平，可能规定重建房屋在一定期限内（如5年内）不得转让，或限制受让主体（如仅限本村集体成员）。若违反此类规定，转让行为可能因违反法律强制性规定或公序良俗而被认定无效。
     
   • 程序瑕疵：若转让未履行法定程序（如未通知抵押权人、未缴纳土地出让金等），也可能导致合同无效或无法履行。

建议：

• 农户在转让前应先确认房屋产权状态（是否已登记、是否存在抵押等）及当地政策要求；
  
• 签订转让合同时明确约定违约责任，避免因政策变化或产权问题导致纠纷；
  
• 若对转让合法性存疑，可直接向我咨询具体地区的政策及操作流程。