农业用地上的房屋转让合法性需根据具体情况综合判断，主要取决于转让双方的身份、房屋性质以及是否履行了相关审批手续。以下是对此问题的详细分析：
一、同一集体经济组织成员之间的转让
- 合法性：一般是合法有效的。
- 法律依据：根据《土地管理法》等相关规定，农村宅基地属于农民集体所有，由村集体经济组织或村民委员会经营、管理。同一集体经济组织成员享有平等的土地使用权利，因此，在符合一定条件下，同一集体经济组织成员之间的房屋转让是合法的。
- 具体条件：
- 受让方资格：必须符合宅基地申请条件，如没有宅基地或符合分户条件但未取得宅基地等。
- 审批手续：转让行为需经本集体经济组织（如村民委员会）同意，部分地方还需办理宅基地使用权变更登记等手续。
- 房屋性质：转让的房屋必须是合法建造的，且产权清晰，无争议。
二、向本集体经济组织以外的人转让
- 合法性：通常被认定为不合法。
- 原因：
- 政策限制：国务院办公厅发布的《关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》等规定明确禁止农民住宅向城市居民出售，也不得批准城市居民占用农民集体土地建住宅。
- 宅基地性质：农村宅基地具有福利性质，旨在保障本集体经济组织成员居住权益。向外转让会破坏宅基地的社会保障功能和集体土地所有制。
三、向其他集体经济组织成员转让
- 合法性：存在一定争议，实践中多数情况下难以得到法律支持。
- 原因：
- 集体土地权益：不同集体经济组织对土地享有独立权益，其他集体经济组织成员无本集体土地使用资格。随意转让可能损害本集体经济组织成员利益。
- 审批难度：涉及宅基地指标、土地资源分配等问题，很难获得双方集体经济组织的同意。
四、特殊情况下的转让合法性
- 违法建筑：若房屋本身为违法建筑，则无论转让给谁，转让行为均不合法。
- 存在欺诈、胁迫：在转让过程中，若存在欺诈、胁迫等违法行为，则转让合同无效。
五、其他注意事项
- 产权清晰：转让的房屋必须有明确的产权证，否则转让不合法。
- 过户手续：即使转让合法，也必须到相关部门办理过户手续，确保产权转移的法律效力。
- 税费缴纳：转让过程中需按规定缴纳相关税费，如契税、印花税等。
总结与建议
农业用地上的房屋转让涉及复杂的法律问题和政策限制。在转让前，建议仔细审查转让双方的身份、房屋性质以及是否履行了相关审批手续。若您有具体的转让需求或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导，以确保转让行为的合法性和合规性，避免潜在的法律风险和经济纠纷。