针对您提出的委托运输药品的运输协议未明确药品质量责任和在途时限的问题，整改及预防措施可以从以下几个方面进行：

1. 明确药品质量责任：

   • 协议修订：首先，应当对现有的运输协议进行修订，明确药品在运输过程中的质量责任归属。这包括但不限于药品的包装、储存、装卸、运输等环节的质量要求，以及因运输不当导致药品损坏或变质的责任承担方式。
   • 质量标准：在协议中详细规定药品的质量标准，可以引用国家相关药品质量标准或行业标准，确保双方对药品质量有共同的理解和认可。
   • 检验与验收：约定药品在发货前和收货时的检验与验收程序，包括检验方法、检验标准、验收期限等，以确保药品在运输前后的质量状况得到及时确认。

2. 规定在途时限：

   • 明确运输时间：在协议中明确规定药品的运输时间，包括发货日期、预计到达日期等，以便双方对运输进度有清晰的预期。
   • 延误责任：约定如果因运输方原因导致药品未能按时到达，运输方应承担的责任，如赔偿损失、支付违约金等。
   • 不可抗力条款：同时，也应在协议中考虑不可抗力因素（如自然灾害、交通管制等）对运输时间的影响，并规定相应的处理方式和责任分担。

3. 预防措施：

   • 加强沟通：在运输前，双方应充分沟通，明确运输要求、药品特性、运输路线等信息，确保运输方对运输任务有充分了解。
   • 选择可靠运输方：委托方应选择具有良好信誉和丰富经验的运输方进行合作，以降低运输风险。
   • 定期检查与评估：在运输过程中，委托方可以定期对运输情况进行检查和评估，确保运输方按照协议要求履行运输义务。
   • 建立应急机制：双方应建立应急机制，以应对可能出现的运输异常情况，如药品损坏、丢失、延误等，确保能够及时采取措施减少损失。

4. 法律合规性：

   • 遵守法律法规：在修订运输协议时，应确保协议内容符合国家相关法律法规的要求，如《药品管理法》、《合同法》等，以避免因协议违法而导致的法律风险。
   • 保留证据：在运输过程中，双方应妥善保留相关证据，如运输单据、检验报告、沟通记录等，以便在发生纠纷时能够提供有力的证据支持。

在整改和预防过程中，还需要注意以下几点：

• 协议条款的明确性：协议中的条款应尽可能明确、具体，避免使用模糊或歧义的表述，以减少双方对协议内容的理解差异。
• 双方协商一致：在修订协议时，应确保双方对协议内容达成一致意见，避免因协议内容产生争议。
• 持续监督与改进：在协议执行过程中，双方应持续监督协议的执行情况，并根据实际情况及时对协议进行改进和优化。

若您在整改或预防过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。