在与运输公司签订协议时，需要注意以下几个关键问题，以确保合同的合法性、有效性和全面性：

1. 审查承运人资格：

   • 务必对承运人的货运经营资质及其能力进行仔细审核，包括运输资质、运输工具的安全性、紧急突发处理方案以及市场信誉等。这是确保货物安全、按时到达的基础。

2. 合同形式与内容规范：

   • 货物运输合同应当以书面形式明确双方的权利义务，避免口头协议带来的不确定性。
   • 如果国家有统一的货物运输合同文本，应优先使用，以减少因合同条款不明确而产生的纠纷。
   • 合同条款应具体、全面，涵盖货物名称、规格、数量、包装要求、运输路线、运输时间、交货地点、运费及支付方式、损坏赔偿标准等关键信息。

3. 货物包装与标记：

   • 托运人应按照国家主管部门规定的标准对货物进行包装，确保货物在运输过程中的安全。
   • 货物上应标明发站、到站、托运人、收货人的单位、姓名和地址，以及包装储运指示标志。

4. 双方责任与义务：

   • 合同中应明确规定托运人、承运人及收货人的责任与义务，特别是运输方的责任，包括运输安全、货物保管、损坏赔偿等。
   • 托运人应如实申报货物的真实情况和运输条件，承运人有权对托运单进行查核，并在必要时会同托运人开箱进行安全检查。

5. 货损赔偿与免责条款：

   • 合同中应清晰展现货物损坏的赔偿标准，以及各方的免责责任。赔偿额的计算方式应明确，避免在发生损坏时产生争议。
   • 承运人能证明货物的毁损、灭失是因为不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，可免除损害赔偿责任。

6. 争议解决方式：

   • 合同中应约定争议解决方式，如仲裁或诉讼，以便在发生纠纷时能够快速有效地解决。

7. 其他特殊规定：

   • 对于大宗货物的运输，可以按年度、半年或季度签订货物运输合同，甚至签订更长期限的运输合同。
   • 合同应贯彻优先运输国家指令性计划产品的原则，同时兼顾指导性计划产品和其他物资。

综上所述，与运输公司签订协议时，务必全面考虑上述各方面问题，确保合同条款的合法性、明确性和全面性，以保障双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。