结论概述：公务员以前违法过但继续上班，现在被查工资是否需要退还，这主要取决于违法行为的性质、是否因此获得了不当利益以及相关法律法规的具体规定。以下是从不同角度进行的详细分析。
一、违法行为的性质与工资退还的关系
一般违法行为：
- 如果公务员的违法行为并未直接导致其获得额外的工资或福利，且该违法行为与工资发放无直接关联，那么通常情况下，其工资不需要退还。
- 例如，公务员因违反交通规则被罚款，但这并不影响其工资的发放，因此无需退还工资。
与工资相关的违法行为：
- 如果公务员的违法行为直接导致了其获得了不当的工资或福利，如通过欺诈手段获得加班费、奖金等，那么根据相关法律法规，其可能需要退还这部分不当所得。
- 例如，公务员虚报加班时长以获取额外的加班费，一旦被发现，这部分加班费就需要退还。
二、相关法律法规的规定
《中华人民共和国公务员法》：
- 该法规定了公务员的权利和义务，以及违反义务应承担的责任。如果公务员的违法行为违反了该法的规定，且因此获得了不当利益，那么根据该法的相关规定，其可能需要承担退还工资等法律责任。
其他相关法律法规：
- 除了《中华人民共和国公务员法》外，还有其他与公务员管理、工资福利等相关的法律法规。如果公务员的违法行为违反了这些法律法规的规定，且因此获得了不当利益，同样可能需要承担退还工资等法律责任。
三、实际操作中的考虑因素
调查与取证：
- 在决定是否要求公务员退还工资时，相关部门需要进行详细的调查和取证工作，以确定公务员的违法行为是否确实导致了其获得了不当利益。
程序合法性：
- 即使公务员确实存在违法行为并获得了不当利益，相关部门在要求其退还工资时，也必须遵循合法的程序，确保公务员的合法权益不受侵害。
个案处理：
- 每个案件都有其独特性，因此在处理公务员违法与工资退还的问题时，需要综合考虑各种因素，如违法行为的性质、情节、后果等，以做出合理的决定。
四、建议与提醒
- 对于公务员：应严格遵守法律法规和职业道德规范，避免任何违法行为的发生。如果确实存在违法行为并获得了不当利益，应主动退还并接受相应的法律责任。
- 对于相关部门：在处理公务员违法与工资退还的问题时，应确保程序的合法性和公正性，充分保障公务员的合法权益。
最后提醒：如果您或您身边的人遇到类似问题，或者对公务员违法与工资退还的具体法律规定有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。