结论：检察院退回案件两次后，案件是否还可以起诉，取决于补充侦查后证据的情况。若证据确实、充分，符合起诉条件，则可以起诉；若证据仍然不足，不符合起诉条件，则应当作出不起诉决定。
分析说明：
退回补充侦查的法律规定：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条，人民检察院在审查案件时，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。补充侦查以二次为限。这意味着，案件在审查起诉阶段，最多可以被退回补充侦查两次。
补充侦查后的处理：
- 每次补充侦查完毕后，检察机关需重新计算审查起诉期限。若经过两次补充侦查后，证据仍不足以支持起诉条件，即定罪量刑的事实缺乏证据证明，或者据以定案的证据未经法定程序查证属实，或者综合全案证据对所认定事实存在合理怀疑，那么检察机关将依法作出不起诉的决定。
- 相反，如果经过两次补充侦查后，公安机关获取了新的关键证据，或者对原有证据进行了进一步的完善和补充，使得案件证据确实、充分，能够证明犯罪嫌疑人的犯罪事实和罪名成立，那么检察机关将依法向法院提起公诉。
可能影响起诉的其他因素：
- 除了证据情况外，案件的性质、社会影响、犯罪嫌疑人的社会危险性等因素也可能影响检察机关的决定。例如，对于涉及重大社会影响、公共安全或国家安全的案件，即使证据存在一定瑕疵，检察机关也可能综合考虑各种因素后决定起诉。
实际应用中的指导意义：
- 对于面临两次退回补充侦查的案件当事人或其家属来说，了解这一法律规定和操作流程至关重要。它有助于他们理解案件可能的发展方向和结果，以及在不同情况下应采取的法律措施。
- 如果案件被退回补充侦查两次后，当事人或其家属认为证据已经充分，或者对检察机关的不起诉决定有异议，可以及时咨询专业律师，了解自身的法律权益和可能的救济途径。
举例说明：
- 假设某盗窃案件，初次审查时证据不足，被退回补充侦查。经过第一次补充侦查后，公安机关获取了一些新的证据，但检察机关认为仍然不足以支持起诉，于是再次退回补充侦查。经过第二次补充侦查后，公安机关终于获取了关键物证和证人证言，形成了完整的证据链条。此时，检察机关将依法向法院提起公诉。
- 相反，如果经过两次补充侦查后，公安机关仍然无法提供足够证据证明犯罪嫌疑人的犯罪事实，那么检察机关将依法作出不起诉决定。
建议：
- 如果你或你的亲友面临类似情况，建议及时咨询专业律师，以便获取更准确的法律意见和帮助。律师可以根据案件的具体情况和证据情况，为你提供针对性的法律建议和辩护策略。
- 同时，也要保持理性态度，理解检察机关在决定是否起诉时需要综合考虑多种因素，并尊重法律程序和司法机关的决定。