高校教学事故扣工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果高校与教师在劳动合同或相关规章制度中明确约定了教学事故的处理方式，包括扣工资等具体措施，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么高校在发生教学事故时按照约定扣工资，通常是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以协商一致，在劳动合同中约定劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等事项。只要这些约定不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。
规章制度合法性角度：
- 高校制定的关于教学事故处理的规章制度，如果经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），且内容合法、合理，不违反法律法规的强制性规定，那么这些规章制度对教师具有约束力。在发生教学事故时，高校按照规章制度扣工资，也是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。同时，这些规章制度应当经过民主程序制定，并公示或告知劳动者。
扣工资合理性角度：
- 即使高校与教师之间有合同约定或规章制度规定，扣工资也必须合理。如果扣工资的数额过高，或者与教学事故的严重程度不成比例，那么这种扣工资的行为可能被视为不合法。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，扣工资应当符合法律法规的规定和劳动合同的约定，且应当合理、公正。
特殊情况角度：
- 如果教学事故是由于不可抗力（如自然灾害、突发事件等）导致的，且教师已经尽到了合理的注意义务和防范措施，那么高校扣工资的行为可能被视为不合法。
- 另外，如果教师因教学事故受到的损失已经通过其他方式（如保险赔偿、第三方赔偿等）得到了补偿，那么高校再扣工资也可能被视为不合法。
建议：
- 对于教师而言，如果认为高校扣工资的行为不合法，可以先与高校进行协商，要求说明扣工资的依据和合理性。如果协商无果，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。
- 对于高校而言，在制定关于教学事故处理的规章制度时，应当确保这些制度合法、合理，并经过民主程序制定。同时，在处理教学事故时，应当遵循公平、公正的原则，合理确定扣工资的数额和方式。
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