可以申请补发工资，但需根据具体情况采取不同措施。以下是详细分析：

1. 劳动关系明确且公司无合法理由拖欠工资
   若您与公司存在合法劳动关系（如签订劳动合同），且公司未以“经营困难”“停工停产”等法定理由拖欠工资，您有权通过以下途径主张权利：

   • 协商解决：首先可与公司沟通，要求明确工资发放时间及补发方案，并保留书面沟通记录（如邮件、微信聊天记录）。
     
   • 投诉举报：向当地劳动监察大队投诉（可通过12333热线或官网提交材料），劳动部门将责令公司限期支付工资，逾期不付可加付赔偿金（《劳动合同法》第85条）。
     
   • 申请仲裁：若投诉无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，主张工资及可能的经济补偿（如因拖欠工资被迫离职，可要求支付N个月工资作为补偿）。
     

2. 公司以“证书使用费”等名义扣减工资
   若公司主张“资料员证为公司所用，需扣减部分工资作为补偿”，需分情况处理：

   • 若证书使用未违反法律规定：例如，公司未强迫您考证、未通过不正当手段获取证书，且双方未约定证书使用需扣减工资，则公司行为违法，您仍可按上述途径主张全额工资。
     
   • 若证书使用涉及违法情形：例如，公司通过挂靠、虚假注册等方式使用您的证书，您可能需先解除与公司的违法关联（如要求公司停止挂靠），再主张工资，否则可能因自身参与违法行为而影响权利主张。
     

3. 劳动关系存疑（如未签合同、劳务关系）

   • 未签劳动合同：若您实际为公司提供劳动但未签合同，仍可主张工资，并可要求公司支付未签合同的双倍工资差额（最多11个月，自用工次月起算）。
     
   • 劳务关系：若您与公司为劳务关系（如退休返聘、临时用工），则不受《劳动合同法》保护，需依据《民法典》中“承揽合同”“劳务合同”等规定主张报酬，可通过起诉要求支付。
     

行动建议：

1. 收集证据：劳动合同、工资条、考勤记录、工作证、与公司沟通工资的记录等，证明劳动关系及拖欠事实。
   
2. 优先协商或投诉：成本低、效率高，适合公司尚有支付能力的情况。
   
3. 及时仲裁/起诉：若公司拒不支付或已出现经营异常（如欠薪、停业），需尽快启动法律程序，避免超过1年仲裁时效。
   

如有进一步细节（如公司拖欠时长、是否签合同、证书使用方式等），可随时补充，我会为您细化分析。