针对两笔不同时间段但有重合时间的最高额抵押合同，其金额的处理方式并非简单合计或以最新时间为准，而是需要根据具体情况来确定。以下是对此问题的详细分析：

1. 抵押权的设立与登记：

   • 根据《民法典》的相关规定，抵押权的设立通常需要进行登记，以保护抵押权人的权益并公示抵押状态。对于最高额抵押合同，同样需要遵循这一原则。
   • 如果两笔最高额抵押合同都进行了登记，那么它们的效力将按照登记的时间先后顺序来确定。这意味着，先登记的抵押权在受偿时将具有优先权。

2. 金额的处理：

   • 不简单合计：两笔最高额抵押合同的金额并不会因为存在重合时间而简单合计。每笔合同都有其独立的债权范围和抵押担保范围，这些范围在合同中通常会有明确约定。
   • 以合同约定为准：在处理金额时，应首先参考每笔最高额抵押合同的具体约定。如果合同中明确规定了重合时间内的债权处理方式（如按比例分配、优先受偿等），则应按照合同约定执行。
   • 考虑抵押物的价值：如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么还需要考虑抵押物的价值。在抵押物价值足够的情况下，每笔抵押权都可能得到全额受偿；在抵押物价值不足的情况下，则可能需要按照抵押权的登记顺序、债权比例等因素进行分配。

3. 法律后果与风险：

   • 优先受偿权：先登记的抵押权在受偿时具有优先权，这意味着在抵押物变现后，先登记的抵押权人将首先获得清偿。
   • 风险分配：对于后登记的抵押权人来说，他们可能面临抵押物价值不足、无法全额受偿的风险。因此，在签订最高额抵押合同时，应充分考虑这一风险，并采取相应的风险防控措施。

4. 实际操作建议：

   • 明确合同条款：在签订最高额抵押合同时，应明确约定重合时间内的债权处理方式、抵押担保范围等关键条款，以避免后续纠纷。
   • 及时登记：为了确保抵押权的效力，应及时办理抵押登记手续，并确保登记信息的准确无误。
   • 风险评估与防控：在签订合同前，应对抵押物的价值、债务人的信用状况等进行全面评估，并采取相应的风险防控措施，如要求债务人提供其他担保、设置预警机制等。

总结来说，两笔不同时间段但有重合时间的最高额抵押合同的金额处理并非简单合计或以最新时间为准，而是需要根据合同约定、抵押权登记顺序、抵押物价值等多种因素来综合考虑。如果你在处理此类问题时遇到困惑或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。