结论：跨年的双休加班能否在第二年休掉，主要取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。在一般情况下，如果公司规章制度或劳动合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么跨年的双休加班是可以在第二年休掉的。但如果没有相关规定或约定，则情况会相对复杂，需要具体分析。
分析：
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权根据生产经营需要制定规章制度，并可以与劳动者在劳动合同中约定相关条款。因此，如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了跨年双休加班的调休方式，包括是否可以在第二年休掉，那么应当遵循这些规定或约定。
- 例如，如果公司规章制度中规定“跨年双休加班可以在次年第一季度内安排调休”，那么劳动者就有权在次年第一季度内要求调休。
法律法规的强制性规定：
- 虽然公司规章制度和劳动合同可以约定调休方式，但这些约定不得违反法律法规的强制性规定。例如，《中华人民共和国劳动法》规定，劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。如果跨年双休加班的调休与带薪年休假产生冲突，应当优先保障劳动者的带薪年休假权益。
- 另外，如果加班时间过长或调休安排不合理，可能违反《中华人民共和国劳动法》中关于工作时间和休息休假的规定，劳动者有权向劳动监察部门投诉或寻求法律救济。
无相关规定或约定的情况：
- 如果公司规章制度和劳动合同中没有明确规定跨年双休加班的调休方式，那么情况会相对复杂。在这种情况下，劳动者可以与公司协商调休事宜，或者根据公司的实际情况和行业惯例来争取合理的调休安排。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司按照法律法规的规定安排调休或支付加班费。
建议：
- 对于劳动者而言，建议在签订劳动合同时仔细阅读相关条款，了解公司关于加班和调休的规定。如果公司规章制度或劳动合同中有不明确或不合理的地方，可以及时与公司沟通并寻求修改。
- 在遇到跨年双休加班需要调休的情况时，劳动者应当保留好相关证据（如加班记录、调休申请等），以便在需要时维护自己的合法权益。
- 如果公司拒绝安排调休或支付加班费，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。