是的，公司和员工对停工留薪工资发放有约定的，通常应优先按照约定来发放。以下是对这一问题的详细分析：
一、约定优先的法律基础
在劳动法律关系中，劳动合同是双方权利义务的基础。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以就劳动报酬、工作时间、休息休假等事项进行约定，只要这些约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就应当具有法律效力。因此，如果公司和员工在劳动合同或相关协议中明确约定了停工留薪期间的工资发放标准和方式，那么这一约定就应当被优先遵循。
二、约定内容需合法合理
虽然约定优先，但约定的内容必须合法合理。具体来说：
不得低于法定标准：停工留薪期间的工资发放标准不得低于当地最低工资标准，也不得低于员工在正常工作期间的工资水平（除非双方有特别约定且该约定不违反法律规定）。
不得违反法律法规：约定的内容不得违反《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及其他相关法律法规的强制性规定。例如，不得约定停工留薪期间不发放工资或只发放部分工资等违法条款。
三、无约定时的处理原则
如果公司和员工之间没有就停工留薪期间的工资发放进行约定，或者约定不明确、存在争议，那么应当按照以下原则处理：
参照同岗位工资水平：可以参照员工在正常工作期间的工资水平来确定停工留薪期间的工资发放标准。
遵循行业惯例：如果所在行业有关于停工留薪期间工资发放的惯例或标准，也可以作为参考依据。
协商解决：双方可以通过协商的方式来解决争议，达成一致意见后签订书面协议并执行。
四、实际操作中的建议
明确约定：为了避免争议和纠纷，建议公司和员工在劳动合同或相关协议中明确约定停工留薪期间的工资发放标准和方式。
保留证据：双方应当保留好与停工留薪期间工资发放相关的证据材料，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以便在发生争议时能够提供有力的证据支持。
及时沟通：如果发生停工留薪的情况，双方应当及时沟通并协商确定工资发放事宜，避免因为沟通不畅或拖延时间而导致争议升级。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。