在个人承包工程的情况下，甲方应将款项支付给与甲方签订承包合同的个人，即承包方本人。不过，具体支付对象还需根据合同约定和实际情况来确定，以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先：

   • 在工程承包合同中，双方应明确约定款项的支付方式和支付对象。如果合同中明确规定了甲方应将款项支付给承包方本人，那么甲方就应当按照合同约定履行支付义务。
   • 如果合同中约定了甲方将款项支付给第三方（如承包方指定的收款人、银行账户等），那么甲方也应当按照合同约定进行支付。但这种情况下，承包方应确保第三方的收款行为得到其明确授权，以避免后续纠纷。

2. 实际履行情况：

   • 在实际履行过程中，如果双方对支付对象有口头约定或实际履行行为与合同约定不一致，且双方均无异议，那么可以视为对合同约定的变更。但为了避免纠纷，建议双方还是通过书面形式确认变更内容。
   • 如果甲方未经承包方同意，擅自将款项支付给第三方，且该第三方并非合同约定的收款人或未经承包方授权，那么承包方有权要求甲方重新支付款项，并可能追究甲方的违约责任。

3. 法律风险提示：

   • 对于承包方而言，应确保与甲方签订的承包合同中明确约定了款项的支付方式和支付对象，以避免后续因支付问题产生纠纷。
   • 对于甲方而言，应严格按照合同约定履行支付义务，避免擅自变更支付对象或支付方式。如果确实需要变更，应事先与承包方协商一致，并通过书面形式确认变更内容。

4. 特殊情况处理：

   • 如果承包方是个人且没有开设银行账户，或者出于其他原因需要甲方将款项支付给第三方，那么双方应在合同中明确约定，并确保第三方的收款行为得到承包方的明确授权。
   • 如果承包方是挂靠在其他单位名下进行承包的，那么款项的支付可能涉及更复杂的法律关系。在这种情况下，建议双方咨询专业律师，以确保合同履行和款项支付的合法性。

建议：在个人承包工程的情况下，双方应签订详细的承包合同，明确约定款项的支付方式和支付对象。在合同履行过程中，双方应严格按照合同约定履行义务，避免擅自变更支付对象或支付方式。如果确实需要变更，应事先协商一致，并通过书面形式确认变更内容。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。