在用人单位为自然人独资企业且发生工伤事故的情况下，自然人股东是否列为被申请人，需分情况讨论：

1. 若自然人独资企业具备独立法人资格：

   • 根据《公司法》及相关法律规定，自然人独资企业若依法设立并取得独立法人资格，那么该企业应独立承担民事责任。在此情况下，工伤事故的责任主体为企业本身，而非其股东。因此，在申请工伤认定或提起相关诉讼时，应将该自然人独资企业列为被申请人或被告，而非其股东。

2. 若自然人独资企业不具备独立法人资格：

   • 在某些情况下，自然人独资企业可能因未依法设立或未取得独立法人资格，而被视为个人独资企业或个体工商户。在此类情况下，企业的财产与股东的财产可能无法完全区分，股东需对企业债务承担无限责任。因此，若发生工伤事故，且企业无法独立承担赔偿责任时，自然人股东可能需被列为共同被申请人或被告，以承担相应的赔偿责任。

法律建议：

• 对于劳动者而言：在发生工伤事故后，应首先确认用人单位的性质及是否具备独立法人资格。若用人单位为具备独立法人资格的自然人独资企业，则应直接向该企业主张工伤赔偿；若用人单位不具备独立法人资格，则可能需同时向企业及其自然人股东主张赔偿。
• 对于自然人股东而言：若其独资企业发生工伤事故，且企业无法独立承担赔偿责任时，应积极与劳动者协商解决赔偿事宜，以避免被列为共同被申请人或被告。同时，自然人股东也应加强企业合规管理，确保企业依法设立并取得独立法人资格，以降低个人承担赔偿责任的风险。

可能法律后果：

• 若劳动者错误地将自然人股东列为被申请人或被告，且法院最终认定股东无需承担赔偿责任，则劳动者可能面临败诉的风险，并需承担相应的诉讼费用。
• 若自然人股东被错误地列为被申请人或被告，且法院最终认定其需承担赔偿责任，则股东可能需承担不必要的经济负担，并可能影响其个人信用记录。

综上所述，在用人单位为自然人独资企业且发生工伤事故的情况下，自然人股东是否列为被申请人需根据企业的性质及是否具备独立法人资格来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。