专利代理人挂靠费是否会被没收，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体情况和法律规定来综合判断。以下是我从多个角度为你进行的分析：
合法挂靠与非法挂靠的区别：
- 合法挂靠：如果专利代理人与挂靠单位之间存在合法的劳动关系或合作协议，且挂靠行为符合相关法律法规和行业规范，那么挂靠费作为合法的劳动报酬或合作收益，通常不会被没收。
- 非法挂靠：如果专利代理人挂靠行为违反了相关法律法规，如未经许可擅自以他人名义从事专利代理业务，或者挂靠单位不具备从事专利代理业务的资质等，那么这种非法挂靠行为可能面临法律制裁，包括但不限于罚款、没收违法所得等。在这种情况下，挂靠费作为违法所得的一部分，有可能被没收。
具体法律条款的适用：
- 根据《专利代理条例》等相关法律法规，专利代理机构和专利代理人应当遵守法律、法规和行业规范，不得从事非法活动。如果违反这些规定，将可能面临行政处罚，包括没收违法所得。
- 在实际操作中，如果专利代理人的挂靠行为被认定为非法，且挂靠费被认定为违法所得，那么根据相关法律法规的规定，这部分费用是有可能被没收的。
实际案例与司法实践：
- 在司法实践中，对于非法挂靠行为的处罚通常较为严厉。如果专利代理人的挂靠行为被查实，且构成违法，那么不仅挂靠费可能被没收，还可能面临其他法律责任，如罚款、吊销执业证书等。
- 当然，每个案件的具体情况都有所不同，法院在判决时会综合考虑多种因素，包括挂靠行为的性质、情节、后果等。因此，不能一概而论地认为所有挂靠费都会被没收。
建议与总结：
- 作为专利代理人，应当严格遵守相关法律法规和行业规范，避免从事非法挂靠行为。合法合规地开展业务活动，不仅有助于维护自身的职业声誉和利益，也有助于促进整个行业的健康发展。
- 如果对挂靠行为的合法性存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师或相关机构，以获取准确的法律意见和指导。
如果你有任何关于知识产权或专利权方面的法律问题或疑虑，欢迎直接向我咨询。我会尽我所能为你提供专业、全面、准确的法律解答和建议。