两家公司约定的专利协议是否有效，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同主体资格

1. 民事行为能力：合同双方应具备相应的民事行为能力。若一方或双方为无民事行为能力人或限制民事行为能力人，则合同需经其法定代理人追认后方为有效，否则效力待定或无效。例如，若一家公司为未成年人或精神病人所设立，且未经法定代理人同意，则其签订的专利协议可能无效。

2. 合法存在：合同双方应为合法存在的公司或组织，具备签订合同的资格。若一方为非法组织或已注销的公司，则其签订的合同无效。

二、合同内容合法性

1. 不违反法律法规：专利协议的内容不得违反法律法规的强制性规定。例如，协议中不得约定侵犯他人专利权、违反专利法等相关法律法规的内容。

2. 不损害国家、集体或第三人利益：协议内容不得损害国家、集体或第三人的利益。若协议中存在损害第三方利益的条款，如未经许可转让他人专利权，则该条款无效，且可能影响整个协议的效力。

3. 不违背公序良俗：协议内容应符合社会公德和公共秩序。若协议中存在违背公序良俗的条款，如以不正当手段获取专利权，则该条款无效。

三、意思表示真实性

1. 无欺诈、胁迫：双方在签订专利协议时，意思表示应真实，不存在欺诈、胁迫等情形。若一方以欺诈、胁迫手段使对方在违背真实意思的情况下签订协议，则受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该协议。

2. 无重大误解：双方对协议内容应无重大误解。若因一方或双方的重大误解导致协议内容与真实意图不符，则受误解方有权请求变更或撤销协议。

四、专利权有效性

1. 专利权存在：协议中涉及的专利权应真实存在，且处于有效状态。若协议中涉及的专利权已被撤销、无效或终止，则协议中关于该专利权的条款无效。

2. 专利权归属明确：协议中应明确专利权的归属。若协议中未明确专利权归属，或存在争议，则可能影响协议的效力。

法律建议

• 在签订专利协议前，双方应充分了解对方的主体资格、专利权状况及协议内容，确保协议合法、有效。
• 若对协议内容存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以避免潜在的法律风险。
• 在协议履行过程中，双方应严格遵守协议约定，履行各自义务，确保协议顺利执行。

若满足上述条件，两家公司约定的专利协议通常有效，对双方具有法律约束力。反之，若存在上述任一情形，则协议可能被认定为无效或可撤销。因此，在签订专利协议时，双方应谨慎对待，确保协议合法、有效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。