两家公司约定的专利协议是否有效，需根据具体情况判断，但一般来说，只要协议内容合法、双方意思表示真实且不违反法律强制性规定，该协议就是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

1. 协议内容合法性

• 专利权归属明确：协议中应明确专利权的归属，包括专利的申请权、所有权、使用权等。若协议内容涉及专利权的转让或许可，需确保转让或许可的范围、期限、方式等条款清晰明确，不违反《专利法》等相关法律法规。
• 不违反法律强制性规定：协议内容不得违反法律的强制性规定，如不得通过协议方式规避专利申请、审查、授权等法定程序，也不得损害国家利益、社会公共利益或第三人合法权益。

2. 双方意思表示真实性

• 自愿签订：双方签订专利协议应基于自愿原则，不存在欺诈、胁迫等情形。若一方以欺诈、胁迫手段使对方在违背真实意思的情况下签订协议，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该协议。
• 意思表示一致：协议内容应体现双方的真实意愿，且双方对协议条款的理解应一致。若因对协议条款理解不一致而产生争议，应依据协议文本、双方交易习惯及诚实信用原则进行解释。

3. 协议形式要求

• 书面形式：虽然《专利法》等法律法规未明确规定专利协议必须采用书面形式，但为确保协议内容的明确性和可证明性，建议双方采用书面形式签订专利协议。书面协议有助于在发生争议时提供有力的证据支持。
• 签字或盖章：协议应由双方签字或盖章确认，以体现双方对协议内容的认可和接受。若协议未经双方签字或盖章，其法律效力可能会受到质疑。

4. 可能影响协议效力的其他因素

• 专利权有效性：若协议涉及的专利权本身存在瑕疵，如未按照法定程序申请专利、专利权已被宣告无效等，可能会影响协议的效力。因此，在签订专利协议前，双方应对专利权的有效性进行充分调查和确认。
• 协议履行情况：若协议签订后，一方未按照协议约定履行义务，如未按时支付专利使用费、未按照约定方式使用专利等，可能会构成违约行为。此时，另一方有权依据协议约定和法律规定要求违约方承担违约责任。

法律建议

• 在签订专利协议前，双方应充分了解专利法律法规和协议签订的相关要求，确保协议内容合法、条款明确。
• 在协议履行过程中，双方应严格按照协议约定履行义务，避免产生违约行为。
• 若发生争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成的，可以依据协议约定向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。

两家公司约定的专利协议在符合上述条件的情况下是有效的。但具体效力还需根据协议内容、双方意思表示、协议形式及履行情况等因素进行综合判断。若您对专利协议的效力存在疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。