两家公司签好的无偿使用专利协议，在符合法律规定且双方意思表示真实的情况下，是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

法律有效性角度

根据我国民事法律的相关规定，民事主体之间可以就技术、不动产等财产权益进行约定和使用。专利权作为一种重要的无形财产权，其使用方式（包括有偿或无偿）可以由专利权人与使用人通过协议进行约定。只要该协议是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议就是有效的。

协议内容角度

1. 明确使用范围：协议中应明确专利的使用范围，包括但不限于使用的地域、时间、方式等。这有助于避免后续因使用范围不明确而产生的纠纷。
2. 约定权利义务：虽然是无偿使用，但协议中仍应明确双方的权利和义务。例如，使用人应保证不侵犯专利权人的其他权益，专利权人应保证专利的有效性等。
3. 违约责任：协议中应约定违约责任，以约束双方的行为。一旦一方违约，另一方可以依据协议要求违约方承担相应的法律责任。

实际操作角度

1. 签订前的审查：在签订无偿使用专利协议前，双方应对专利的有效性、权利归属等进行审查，确保协议的基础稳固。
2. 协议的履行：在协议履行过程中，双方应严格按照协议约定行使权利、履行义务。如有任何变更或补充，应及时签订书面协议进行确认。
3. 纠纷的解决：如发生纠纷，双方应首先通过友好协商解决。协商不成的，可以依据协议中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院提起诉讼。

特殊情况考虑

1. 专利无效：如果专利在协议签订后被宣告无效，那么基于该专利的无偿使用协议也将失去效力。此时，双方应依据实际情况协商解决后续问题。
2. 法律变更：如果协议签订后相关法律、行政法规发生变更，导致协议部分或全部无法履行，那么双方应依据新的法律、行政法规进行调整或协商解除协议。

建议：在签订无偿使用专利协议时，双方应充分了解相关法律法规，明确各自的权利和义务，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。