双方公司签订的软件授权书，在符合法律规定和双方真实意愿的情况下，是有效的。以下从多个角度为你详细分析：
一、软件授权书的法律效力基础
软件授权书，本质上是一种合同，它规定了软件授权方（通常为软件开发者或版权所有者）与被授权方（使用软件的公司或个人）之间的权利和义务。根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，只要合同双方具有相应的民事行为能力，意思表示真实，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该合同就具有法律效力。因此，软件授权书在满足这些条件时，是有效的。
二、软件授权书有效的具体条件
双方主体适格：签订软件授权书的双方公司必须具备合法的经营资格，即都是依法设立并有效存续的公司。如果一方或双方不具备主体资格，如未注册的公司或已被注销的公司，那么签订的授权书可能因主体不适格而无效。
意思表示真实：双方公司在签订软件授权书时，必须基于真实的意思表示，即双方都明确知道并同意授权书中的各项条款。如果一方或双方在签订过程中存在欺诈、胁迫等情形，导致意思表示不真实，那么授权书可能因意思表示不真实而无效或可撤销。
内容合法合规：软件授权书的内容必须符合法律法规的规定，不得包含违法或违规的条款。例如，授权书不得规定被授权方使用软件进行非法活动，也不得侵犯第三方的合法权益。如果授权书内容违法或违规，那么该授权书可能因内容不合法而无效。
形式要件满足：虽然软件授权书通常不需要特定的形式要件（如书面形式、公证等），但为了确保授权书的真实性和可证明性，建议双方采用书面形式签订，并妥善保存相关证据。如果双方对授权书的形式有特别约定，如需要公证或见证等，那么应当按照约定执行。
三、软件授权书可能无效的情形
主体不适格：如前所述，如果一方或双方不具备签订软件授权书的主体资格，那么授权书可能无效。
意思表示不真实：如果一方或双方在签订过程中存在欺诈、胁迫等情形，导致意思表示不真实，那么授权书可能无效或可撤销。
内容违法或违规：如果授权书内容违反法律法规的规定或侵犯第三方的合法权益，那么该授权书可能无效。
违反强制性规定或公序良俗：如果授权书的内容违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，那么该授权书也可能无效。
四、建议
在签订前进行充分沟通：双方公司在签订软件授权书前，应进行充分的沟通，明确各自的权利和义务，确保授权书的内容符合双方的真实意愿。
仔细审查授权书内容：在签订前，双方应仔细审查授权书的内容，确保各项条款合法合规，不侵犯第三方的合法权益。
保留相关证据：为了确保授权书的真实性和可证明性，双方应妥善保存与授权书签订相关的证据，如沟通记录、签订过程照片或视频等。
咨询专业律师：如果在签订或履行软件授权书过程中遇到任何法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以维护自身的合法权益。
如果你在软件授权书签订或履行过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。