公司授权委托人与他人签订合作协议是否有效，这主要取决于多个关键因素，以下分情况详细说明：
代理权合法且明确
- 法定代理：若公司作为被代理人，其法定代理人（如法定代表人）或依法授权的代理人代为签订合作协议，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，则该协议有效。例如，公司法定代表人直接代表公司签订合作协议，这是典型的法定代理情形，协议具有法律效力。
- 委托代理：若公司通过书面委托等形式明确授予某员工或外部人士代理权，且该委托人在授权范围内与第三人签订合作协议，则该协议对公司具有法律约束力。比如，公司书面授权销售部经理与某客户签订销售合作协议，销售部经理在授权范围内签订的协议是有效的。
真实意思表示且无欺诈胁迫
- 合作协议必须是双方当事人基于真实意思的表示而签订，且不存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情形。如果委托人在签订协议时受到欺诈或胁迫，那么该协议可能是无效的或可撤销的。
符合法律规定且不损害公共利益
- 合作协议的内容不得违反法律的强制性规定，也不得损害社会公共利益。如果协议内容违反法律或损害公共利益，那么该协议是无效的。例如，协议中包含非法交易条款或损害国家利益的条款，这样的协议是无效的。
授权委托书或委托合同明确
- 如果公司委托他人代签合作协议，应出具书面的授权委托书或签订委托合同，明确代理事项、权限和期限。这有助于确保代理行为的合法性和有效性。口头委托在对方认可的情况下也视为有效，但书面形式更具法律保障。
同时，也存在一些可能导致合作协议无效或效力待定的情况：
无权代理
- 如果委托人未获得公司的明确授权却以公司名义签订合作协议，这属于无权代理。此时，协议效力处于待定状态，需公司在合理期限内追认才有效。若公司拒绝追认，则协议对公司不发生效力，由行为人（即无权代理的委托人）承担责任。
表见代理的特殊情况
- 即使委托人无权代理，但如果相对人有理由相信其有代理权时（如因公司行为造成误解），代理行为可能被视为有效，公司需承担协议责任。这通常发生在公司对委托人的授权行为管理不善，导致外部人士产生合理误解的情况下。
违反法律强制性规定或损害公共利益
- 如前所述，如果合作协议的内容违反法律强制性规定或损害社会公共利益，那么该协议是无效的。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 确保代理权合法且明确：公司在授权委托人签订合作协议前，应明确授权范围、权限和期限，并出具书面授权委托书或签订委托合同。
- 审查协议内容：在签订合作协议前，公司应仔细审查协议内容，确保不违反法律强制性规定且不损害社会公共利益。
- 保留相关证据：公司应保留与授权委托和合作协议相关的所有证据，以备不时之需。
若您在合作协议签订过程中遇到任何法律问题或争议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。