除了合同，两家单位共同申请专利时，还可以考虑签订以下几种协议来明确双方的权利和义务：

1. 合作研发协议：

   • 这是两家单位在共同研发新技术或产品时签订的协议，其中会详细规定研发的目标、任务分配、资源投入、知识产权归属、利益分配等关键条款。在共同申请专利的情境下，合作研发协议可以明确双方对研发成果的贡献比例，以及由此产生的专利权的归属和使用方式。

2. 技术秘密保护协议：

   • 在共同研发过程中，可能会涉及到一些未公开的技术信息或商业秘密。为了保护这些信息不被泄露或滥用，两家单位可以签订技术秘密保护协议，约定保密义务、保密期限、违约责任等。这有助于维护双方的技术优势和商业利益。

3. 专利实施许可协议：

   • 如果共同申请的专利获得授权后，其中一方或双方希望将专利技术许可给第三方使用，那么可以签订专利实施许可协议。该协议会规定许可的范围、方式、期限、费用等条款，确保专利技术的合法使用和双方的利益最大化。

4. 专利权共有协议（若选择共有专利权）：

   • 如果两家单位决定共同拥有专利权，那么可以签订专利权共有协议。该协议会明确双方对专利权的共有比例、使用方式、收益分配、维护责任等。这有助于避免未来因专利权归属或使用问题而产生的纠纷。

5. 争议解决协议：

   • 为了预防未来可能出现的争议，两家单位可以签订争议解决协议，约定争议解决的方式（如仲裁、诉讼等）、地点、适用法律等。这有助于在争议发生时，能够迅速、有效地解决问题，维护双方的合作关系。

在签订这些协议时，建议两家单位明确各自的权利和义务，确保协议内容合法、有效，并充分考虑未来可能出现的各种情况。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。