结论：公司内部设定行政处罚分，一分等于50元，这种做法是否违法，需根据具体情况判断，但公司一般无权自行设定行政处罚，且罚款行为可能违法。以下从不同角度进行分析：
一、公司行政处罚权的来源与限制
行政处罚权的法定性：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。这意味着，只有国家行政机关才有权设定和实施行政处罚，公司作为非行政机关，一般无权自行设定行政处罚。
公司内部规章制度的合法性：
- 公司可以制定内部规章制度来管理员工，但这些规章制度必须符合法律法规的规定，且不得侵犯员工的合法权益。如果公司规章制度中设定的“行政处罚”实际上是对员工的罚款，那么这种罚款行为可能因缺乏法律依据而无效。
二、罚款行为的合法性分析
罚款的法律依据：
- 罚款作为一种行政处罚，必须由法律、法规或规章明确规定。公司无权自行设定罚款条款，除非该罚款行为有明确的法律依据，且符合法律规定的程序和条件。
罚款的合理性：
- 即使公司规章制度中设定了罚款条款，也需要考虑罚款的合理性。罚款的数额应当与员工的违规行为性质、情节以及造成的损失相适应，不得过高或过低。一分等于50元的罚款标准，是否合理需根据具体情况判断，但公司自行设定的罚款标准往往难以保证合理性。
三、员工权益的保护
员工的申诉权：
- 如果员工认为公司的罚款行为违法或不合理，有权向公司提出申诉或向相关部门投诉。公司应当建立合理的申诉机制，保障员工的合法权益。
法律救济途径：
- 如果公司的罚款行为严重侵犯了员工的合法权益，员工还可以通过法律途径寻求救济，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
四、具体建议
审查公司规章制度：
- 建议员工首先审查公司的规章制度，了解罚款条款的具体内容和设定依据。如果发现罚款条款缺乏法律依据或不合理，可以向公司提出异议。
与公司协商：
- 如果员工对公司的罚款行为有异议，可以尝试与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，员工可以寻求法律帮助，咨询专业律师（如我）的意见，了解自己的权益和可行的法律救济途径。
综上所述，公司内部设定行政处罚分，一分等于50元的做法，一般缺乏法律依据，可能违法。员工在面对这种情况时，应当了解自己的权益和可行的法律救济途径，必要时寻求专业律师的帮助。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。