施工单位在获得法院判决后，通常是可以办理房产证的，但具体能否办理还需视情况而定。以下是对此问题的详细分析：

一、法院判决的法律效力

法院判决是具有法律效力的文书，它明确了双方的权利和义务。在本案例中，法院将开发商名下的房产判给了施工单位，这意味着施工单位已经取得了该房产的合法所有权。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。因此，施工单位在获得法院判决后，有权要求开发商或相关部门协助办理房产过户手续，进而办理房产证。

二、办理房产证的具体流程

1. 准备材料：施工单位需要准备法院判决书、身份证明、购房合同（如有）、税费缴纳证明等相关材料。
2. 申请过户：施工单位应向房地产管理部门或不动产登记机构申请房产过户，提交上述材料并填写相关申请表。
3. 审核与登记：房地产管理部门或不动产登记机构会对施工单位提交的材料进行审核，确认无误后，会办理房产过户手续，并将房产信息登记在施工单位名下。
4. 领取房产证：过户手续完成后，施工单位可以领取新的房产证，成为该房产的合法所有人。

三、可能遇到的障碍及解决方案

1. 开发商不配合：如果开发商不配合办理过户手续，施工单位可以依据法院判决书向法院申请强制执行，要求开发商履行协助过户的义务。
2. 房产存在抵押或查封：如果房产在判决前已被开发商抵押或查封，施工单位需要先解决这些法律障碍。例如，与抵押权人协商解除抵押，或向法院申请解除查封，然后再办理过户手续。
3. 税费问题：办理房产过户和房产证需要缴纳一定的税费。施工单位应确保税费已缴纳完毕，以免影响过户和办证进度。

四、法律建议

1. 及时咨询专业律师：在办理房产过户和房产证过程中，施工单位可能会遇到各种法律问题。因此，建议施工单位及时咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保障。
2. 保留好相关证据：施工单位应妥善保管法院判决书、购房合同、税费缴纳证明等相关证据，以备不时之需。
3. 关注政策变化：房地产政策可能会随着时间和市场环境的变化而调整。施工单位在办理房产过户和房产证时，应关注相关政策变化，确保自身行为符合法律法规要求。

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