公司代扣员工体检费交医院，需根据具体情况判断合法性及处理方式，具体如下：

1. 若公司事先与员工明确约定体检费由员工承担：

   • 合法性：根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者可以就福利待遇等事项进行约定。若双方在劳动合同或规章制度中明确约定体检费由员工承担，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则公司代扣体检费的行为具有合法性。
   • 处理方式：公司应在代扣前向员工明确告知代扣事项、金额及依据，并确保代扣金额不超过员工实际应承担的费用。同时，公司应妥善保管相关凭证，如体检合同、发票等，以备员工查询或劳动监察部门检查。

2. 若公司未与员工明确约定体检费由员工承担，或约定不明确：

   • 合法性：在此情况下，公司单方面代扣员工体检费可能缺乏法律依据，构成对员工财产权的侵害。员工有权要求公司返还被代扣的费用，并可能向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
   • 处理方式：公司应立即停止代扣行为，并与员工协商解决体检费用的承担问题。若双方无法达成一致，公司应尊重员工的意愿，不得强制代扣。同时，公司应反思内部管理制度，明确福利待遇的承担方式，避免类似纠纷再次发生。

3. 特殊情况下的处理：

   • 若体检属于公司强制要求的福利项目：根据相关法律法规及司法实践，用人单位有义务为员工提供必要的劳动保护和劳动条件，包括定期组织员工进行体检。在此情况下，体检费用应由公司承担，不得转嫁给员工。
   • 若体检费用过高或存在不合理收费：即使双方约定体检费由员工承担，公司也应确保体检费用的合理性。若体检费用明显高于市场价格或存在不合理收费项目，员工有权拒绝支付多余部分，并可向相关部门投诉。

行动建议：

• 公司角度：在代扣员工体检费前，应确保与员工有明确的约定，并保留相关凭证。同时，应定期对体检项目及费用进行审查，确保费用的合理性。
• 员工角度：若对公司代扣体检费的行为有异议，应及时与公司沟通协商。若协商无果，可向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自身合法权益。