关于事业单位停发工资的规定，需要从多个角度进行分析，以确保全面且准确地解答。以下是针对该问题的详细回答：
结论前置
事业单位停发工资的合法性及具体规定，取决于停发的原因、是否遵循了法定程序以及是否有明确的规章制度作为依据。
合法停发工资的情形
劳动者未提供劳动：
- 若员工无正当理由未出勤工作，严重违反考勤制度，如旷工多日，单位停发工资是合法的。
与单位达成协议：
- 若员工与事业单位就停发工资事宜达成一致，并签订了相关协议，且该协议不违反法律法规，则单位停发工资不违法，如停薪留职的情况。
受到纪律处分：
- 根据《事业单位工作人员处分暂行规定》，员工若受降低岗位等级或撤职处分，单位可从处分决定的次月起降低其工资待遇；受开除处分的，则终止人事关系并停发工资。
涉嫌违法犯罪：
- 员工若涉嫌违法违纪被立案调查，单位可根据干部人事管理权限暂停其工资待遇，待调查结束后再依法处理。
其他合法情形：
- 如员工离职、长期请假等原因无法提供正常劳动，且单位有明确的规章制度并提前告知员工，则停发工资也是合法的。
违法停发工资的情形
无正当理由：
- 单位无任何合理依据随意停发员工工资，违反了《中华人民共和国劳动法》的相关规定，即工资应按月支付给劳动者，不得克扣或无故拖欠。
违反法定程序：
- 即使存在可以停发工资的事由，但单位未按法定程序操作也构成违法，如未将规章制度告知员工，或未进行调查核实、未给予申辩机会就停发工资。
打击报复员工依法维权：
- 若员工依法行使合法权益时，单位停发工资进行打击报复，这也违反了相关法律法规。
停发工资的具体规定（以停薪留职为例）
申请与审批：
- 员工需向所在单位提出书面申请，详细说明停薪留职的原因、期限等。
- 单位需审核申请理由的充分性及对工作的影响，并报上级主管部门审批并备案。
合同签订：
- 审核通过后，双方需签订停薪留职合同，明确双方的权利义务。
期限与待遇：
- 停薪留职期限一般由双方协商确定，通常不超过三年。
- 停薪期间员工不享受原工资福利待遇，但单位可能继续缴纳社会保险和住房公积金，费用由员工承担部分或全部。
管理与监督：
- 停薪留职人员需按单位要求定期报告个人情况。
- 违反规定或期满不回单位报到的，单位有权处理，包括解除聘用合同。
实际操作建议
- 对于事业单位而言，应建立健全的规章制度，明确停发工资的具体情形和程序，并确保员工知晓。
- 在停发工资前，应进行充分的调查核实，并给予员工申辩的机会。
- 员工若认为单位停发工资违法，可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁、提起诉讼以维护自己的合法权益。
综上所述，事业单位停发工资的合法性及具体规定需根据具体情况判断，包括停发的原因、程序以及规章制度等因素。在实际操作中，单位和员工都应遵守相关法律法规，确保停发工资行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。