事业单位停发工资的后果，需根据停发的具体原因、是否遵循了法定程序以及是否有明确的规章制度作为依据来判断，可能涉及合法与违法两种情形。以下是对此问题的详细分析：
合法停发工资的情形及后果
劳动者未提供劳动：
- 若员工无正当理由未出勤工作，如旷工多日，严重违反考勤制度，单位在旷工期间停发工资是合法的。这种情况下，员工无权要求单位补发工资，且可能面临单位的纪律处分。
与单位达成协议：
- 若员工与事业单位就停发工资事宜达成一致，如申请停薪留职，并签订协议约定停发工资，则单位停发工资不违法。员工需按照协议履行义务，单位也无需承担违法后果。
受到纪律处分：
- 依据《事业单位工作人员处分暂行规定》，受降低岗位等级或撤职处分的员工，单位可从处分决定的次月起降低其工资待遇；受开除处分的，则终止人事关系并停发工资。这种情况下，停发工资是单位对员工违纪行为的合法处理，员工需接受处分并承担相应后果。
涉嫌违法犯罪：
- 员工涉嫌违法违纪被立案调查期间，单位可根据干部人事管理权限暂停其工资待遇，待调查结束后再依法处理。这种情况下，停发工资是单位为了配合调查而采取的临时措施，员工需等待调查结果并承担相应法律责任。
离职或请假：
- 若员工因离职、请假等原因无法提供正常劳动，且单位有明确的规章制度并提前告知员工，则停发工资是合法的。员工需按照规章制度履行请假或离职手续，单位也无需承担违法后果。
违法停发工资的情形及后果
无正当理由停发工资：
- 单位无任何合理依据随意停发员工工资，违反了《中华人民共和国劳动法》第五十条，即工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这种情况下，员工有权要求单位补发工资，并可能获得相应的赔偿。
违反法定程序停发工资：
- 即使存在可以停发工资的事由，但单位未按法定程序操作也构成违法。如未将规章制度告知员工，或未进行调查核实、未给予申辩机会就停发工资。这种情况下，员工同样有权要求单位补发工资，并可能获得相应的赔偿。
打击报复员工依法维权：
- 若员工依法行使合法权益（如参加工会活动、举报违法行为）时，单位停发工资进行打击报复，违反了《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律。这种情况下，员工不仅有权要求单位补发工资，还可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼以维护自己的合法权益。
实际操作建议
- 对于事业单位：应建立健全的规章制度，明确停发工资的具体情形和程序，并确保员工知晓。在停发工资前，应进行充分的调查核实，并给予员工申辩的机会。
- 对于员工：若认为单位停发工资违法，可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁、提起诉讼以维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应保留好相关证据，如工资条、考勤记录、协议等，以便在需要时提供证明。
综上所述，事业单位停发工资的后果取决于停发的合法性。若停发合法，则员工需接受相应后果；若停发违法，则员工有权要求单位补发工资并可能获得赔偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。