行政行为违法时，当事人一般不可以直接拒绝配合调查，但有权对违法行政行为提出异议并依法维护自身权益。以下从多个角度为你详细分析：

当事人的配合义务

1. 法律规定的配合义务：根据相关法律法规，当事人在面对行政机关的调查时，有义务配合行政机关的工作。这是法律规定的责任和义务，旨在确保行政机关能够依法履行职责，维护公共利益和社会秩序。
2. 配合调查的重要性：配合调查不仅有助于行政机关查明事实真相，作出公正合理的行政决定，也有助于当事人自身权益的维护。如果当事人拒绝配合调查，可能会阻碍行政机关的正常工作，导致行政决定的不公正或不合理，进而损害当事人的合法权益。

拒绝配合调查的可能后果

1. 法律责任：如果当事人拒绝配合调查或阻挠调查，将承担相应的法律责任。这可能包括行政处罚、强制措施等，具体取决于违法行为的性质和情节。
2. 影响行政决定：拒绝配合调查可能会影响行政机关对案件的判断和处理。在缺乏充分证据的情况下，行政机关可能无法作出公正合理的行政决定，这可能对当事人产生不利影响。

当事人的合法权利与救济途径

1. 提出异议：如果当事人认为行政行为违法或不当，有权在配合调查的过程中提出异议。这可以通过口头或书面方式向行政机关表达，并要求行政机关依法处理。
2. 申请行政复议或提起行政诉讼：如果当事人对行政机关的行政决定不服，有权依法申请行政复议或提起行政诉讼。这是当事人维护自身合法权益的重要途径，也是法律赋予当事人的权利。

行政机关的应对措施

1. 明确告知义务与后果：行政机关在调查过程中，应向当事人详细解释调查的目的、依据以及不配合调查可能带来的法律后果。这有助于消除当事人的疑虑和抵触情绪，促使其积极配合调查。
2. 采取合法强制措施：在必要时，行政机关可以依照相关法律法规的规定，对当事人采取一定的强制措施，如强制传唤、查封、扣押等，以确保调查的顺利进行。但需注意，这些措施必须严格依法进行，避免侵犯当事人的合法权益。
3. 完善证据收集方式：行政机关应通过多渠道取证、利用技术手段等方式，尽可能全面地收集与案件有关的证据材料。即使当事人不配合，也能确保调查工作的正常推进。

实际案例与启示

在实际案例中，有些当事人因为对行政行为不满而拒绝配合调查，结果往往导致行政机关对其作出不利的行政决定。而有些当事人则通过积极配合调查、提出合理异议并依法申请行政复议或提起行政诉讼等方式，成功维护了自身合法权益。这启示我们，在面对行政行为时，当事人应保持理性态度，依法行使权利并履行义务。

总结来说，虽然行政行为违法时当事人不能直接拒绝配合调查，但有权对违法行政行为提出异议并依法维护自身权益。如果你遇到类似问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。