当行政案件中的当事人不配合调查时，行政机关可以采取一系列措施来应对，以确保调查的顺利进行和法律的公正执行。以下是一些详细且具有深度的处理建议：
一、初步措施：说服教育与明确告知
说服教育：
- 行政机关工作人员应首先尝试通过说服教育的方式，向当事人详细解释调查的目的、意义以及他们应履行的配合义务。
- 通过耐心沟通，消除当事人的误解和顾虑，促使其自愿配合调查。
明确告知义务与后果：
- 向当事人明确指出，配合行政机关的调查工作是法律规定的责任和义务。
- 详细说明不配合调查可能带来的法律后果，包括可能的行政处罚、法律责任等，以增强当事人的法律意识。
二、采取合法强制措施
依法实施强制手段：
- 在必要时，行政机关可以依照相关法律法规的规定，对当事人采取一定的强制措施，如强制传唤、查封、扣押等。
- 这些措施必须严格依法进行，确保不侵犯当事人的合法权益，同时保证调查的顺利进行。
申请司法机关协助：
- 若当事人拒不配合且情节严重，构成妨碍公务等违法行为时，行政机关可依法向公安机关报案。
- 公安机关将按照治安管理处罚法进行处理，对于涉及刑事犯罪的案件，还可移送司法机关追究刑事责任。
三、完善证据收集方式
多渠道取证：
- 行政机关应通过现场勘查、询问相关人员、调取监控录像等多种方式，尽可能全面地收集与案件有关的证据材料。
- 即使当事人不配合，也能通过其他渠道获取足够证据，确保调查工作的正常推进。
利用技术手段：
- 借助现代科技手段，如电子数据取证、远程视频询问等，提高取证的效率和准确性。
- 这些技术手段可以在不直接接触当事人的情况下获取证据，减少因当事人不配合而带来的困难。
四、规范执法程序与保障救济权利
严格遵循法定程序：
- 在整个调查过程中，行政机关必须严格遵守法律法规规定的程序要求，包括出示证件、表明身份、制作笔录等环节。
- 确保执法的公正性和合法性，避免因程序不当而引发争议。
保障陈述申辩权：
- 在作出行政处罚决定前，行政机关应充分听取当事人的意见和申辩，并记录在案。
- 这不仅是对当事人权利的尊重，也有助于查明事实真相，确保处罚决定的准确性和合理性。
提供救济途径：
- 告知当事人如对处罚决定不服，有权依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 提供明确的救济途径和程序指导，帮助当事人维护自身合法权益。
五、特殊情况下的处理
- 对于情节特别严重、触犯刑法的当事人，行政机关应及时移送司法机关追究刑事责任。
- 在处理过程中，行政机关应保持与司法机关的密切沟通，确保案件的顺利移送和后续处理。
综上所述，当行政案件中的当事人不配合调查时，行政机关应采取说服教育、合法强制措施、完善证据收集方式、规范执法程序与保障救济权利等一系列措施来应对。这些措施旨在确保调查的顺利进行和法律的公正执行，同时保护当事人的合法权益。建议行政机关在处理此类案件时，根据具体情况灵活运用这些措施，以达到最佳的处理效果。