两家公司合作若仅为分配利润、开票，在税务上是否合法需分情况讨论：

1. 若合作具备真实交易背景与合理商业目的
   若两家公司存在真实的业务往来（如采购、服务、技术合作等），且利润分配基于实际贡献（如按出资比例、技术投入、资源整合等合理方式），开票行为符合《发票管理办法》要求（即开具与实际交易相符的发票），则税务处理合法。
   关键点：需确保交易真实性（如合同、资金流、物流、服务流四流一致），避免虚构交易或虚开发票。若利润分配比例与实际贡献不匹配，可能被税务机关质疑合理性，需提前准备书面协议、会议纪要等证据证明分配逻辑。

2. 若合作仅为“走账”或“虚开发票”
   若两家公司无真实业务，仅通过签订虚假合同、虚构交易流程（如资金循环回流）的方式开具发票，或以分配利润为名转移资金、逃避税款，则属于违法行为。
   法律后果：

   • 虚开发票（包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开）可能触犯《刑法》第二百零五条，构成虚开发票罪，最高可处七年有期徒刑并处罚金；
     
   • 即使未达到刑事标准，税务机关也可依据《税收征收管理法》第六十三条，认定偷税行为，追缴税款、加收滞纳金，并处不缴或少缴税款50%至5倍的罚款；
     
   • 若涉及增值税专用发票，还可能被取消增值税进项抵扣资格，影响企业纳税信用等级。

3. 特殊情形：关联交易中的利润分配
   若两家公司为关联方（如母子公司、受同一控制的企业），利润分配需符合《企业所得税法》及《特别纳税调整实施办法》要求，即交易价格需符合独立交易原则（即与无关联关系的第三方交易价格一致）。若关联交易定价明显偏低且无正当理由，税务机关有权调整应纳税所得额，补征税款。
   建议：关联方合作前应进行转让定价分析，保留同期资料（如功能风险分析、可比非关联交易价格等），以应对税务稽查。

总结：合作分配利润、开票的合法性取决于交易真实性、商业合理性及税务合规性。若存在虚构交易、虚开发票或关联交易定价不合理等情形，将面临税务风险甚至刑事责任。建议企业在合作前明确交易模式、签订书面协议，并留存完整业务证据链，必要时咨询税务律师进行合规审查。如有具体合作场景需分析，可直接向我提问。