结论前置：公司法人之间以商品购销方式分配利润，在税务上是否合法，需根据具体交易实质、合同条款及税务法规综合判断。若交易实质符合商业逻辑、合同条款真实反映了交易内容，且符合税法规定，则税务上合法；反之，则可能面临税务风险。

1. 交易实质与合同条款的审查

• 交易实质：首先，需要审查公司法人之间以商品购销方式分配利润的交易实质。如果这种分配方式是基于真实的商品交易，且交易价格公允、合理，符合市场规律，那么这种分配方式在税务上通常是被接受的。然而，如果交易实质并非真实的商品交易，而是以商品购销为名，行利润分配之实，那么这种交易方式可能涉嫌偷逃税款，税务上是不合法的。
• 合同条款：合同条款是判断交易实质的重要依据。合同应明确约定商品购销的具体条款，包括商品名称、规格、数量、价格、交货方式、付款方式等，以及利润分配的具体方式和比例。如果合同条款能够真实反映交易内容，且符合税法规定，那么这种分配方式在税务上通常是合法的。

2. 税务法规的适用

• 增值税：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关规定，销售货物或者提供应税劳务的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。如果公司法人之间的商品购销行为符合增值税的征税范围，且按照规定缴纳了增值税，那么这种分配方式在增值税方面通常是合法的。
• 企业所得税：根据《中华人民共和国企业所得税法》及相关规定，企业应当就其来源于中国境内、境外的所得缴纳企业所得税。如果公司法人之间的利润分配是基于真实的商品交易，且按照税法规定计算并缴纳了企业所得税，那么这种分配方式在企业所得税方面通常是合法的。然而，如果利润分配并非基于真实的商品交易，而是通过虚构交易、转移利润等方式进行，那么可能涉嫌偷逃企业所得税，税务上是不合法的。

3. 可能的法律后果

• 税务处罚：如果公司法人之间的商品购销方式分配利润被税务机关认定为偷逃税款，那么可能面临税务处罚，包括补缴税款、滞纳金、罚款等。
• 法律责任：在严重情况下，如果公司法人之间的商品购销方式分配利润构成犯罪，如逃税罪等，那么相关责任人员可能面临刑事责任。

4. 建议与措施

• 确保交易真实：公司法人之间在进行商品购销时，应确保交易的真实性和合理性，避免虚构交易或转移利润。
• 完善合同条款：合同条款应明确、具体，真实反映交易内容，避免模糊或歧义条款。
• 遵守税务法规：公司法人应严格遵守税务法规，按照规定计算并缴纳税款，避免偷逃税款或违反税法规定。

5. 特殊情况考虑

• 关联交易：如果公司法人之间存在关联关系，那么商品购销行为可能受到更严格的税务审查。在这种情况下，应确保交易价格公允、合理，避免利用关联关系进行利润转移或偷逃税款。
• 税务筹划：公司法人可以在合法合规的前提下进行税务筹划，以降低税负。然而，税务筹划应基于真实的交易背景和合理的商业逻辑，避免滥用税务筹划手段进行偷逃税款。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。