结论前置：医院科室自行制定高于医院整体指标并据此扣职工钱的行为，在大多数情况下是不合法的，但具体还需结合实际情况和医院规章制度来判断。
详细分析：
从劳动合同和规章制度的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位（包括医院）与劳动者建立劳动关系时，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则，并签订书面劳动合同。劳动合同中应当明确约定工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等关键条款。
- 如果医院科室自行制定的指标及扣款规定未在劳动合同中明确约定，也未经过职工代表大会或全体职工讨论通过，并未公示或告知劳动者，那么这些规定很可能因违反法定程序而无效。
- 即便医院有整体的规章制度，科室作为医院的一个部门，通常无权单独制定与医院整体规章制度相冲突或更严格的规定，除非这些规定得到了医院层面的明确授权。
从劳动报酬和扣款的角度：
- 劳动者的劳动报酬是其提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意克扣。根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 如果科室制定的指标并非基于劳动者本人的原因造成的经济损失，而是作为一种管理手段或惩罚措施来扣款，那么这种做法很可能缺乏法律依据，构成违法扣款。
从医院管理和内部规定的角度：
- 医院作为用人单位，有权根据自身的经营需要和管理需要制定内部规章制度。然而，这些规章制度必须合法、合理，并且不得与法律法规相抵触。
- 如果科室制定的指标及扣款规定得到了医院层面的明确授权，并且符合法律法规的规定，同时也在劳动合同或医院规章制度中得到了明确约定和公示，那么这种做法可能是合法的。但即便如此，也必须确保扣款的合理性和合法性，避免过度扣款或滥用扣款权力。
建议：
- 如果您作为医院职工遇到了科室自行制定指标并扣款的情况，首先应当查看自己的劳动合同和医院规章制度，了解相关规定是否合法、合理。
- 如果认为科室的做法存在问题，可以与科室负责人或医院人力资源部门进行沟通协商，寻求解决方案。
- 如果沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
后续思考：
- 医院作为用人单位，在制定内部规章制度时应当充分考虑法律法规的规定和劳动者的权益保障，避免制定过于苛刻或违法的规定。
- 劳动者在签订劳动合同时应当仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务，并在遇到问题时及时寻求法律帮助。
如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的解答。