企业以并轨方式解除劳动关系是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、并轨解除劳动关系的合法性基础
“并轨”通常指的是企业改革或重组过程中，将不同用工制度或劳动关系类型统一为一种标准或模式。若企业因经营需要，在符合法律法规的前提下，通过协商一致、经济补偿等方式与员工解除劳动关系，并轨本身并不违法。但关键在于，企业必须遵循法定程序，确保员工的合法权益不受侵害。
二、合法解除劳动关系的情形
协商一致解除：根据《劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。若企业通过与员工充分协商，达成一致意见，并签订书面解除协议，明确双方的权利义务，这种并轨解除劳动关系的方式是合法的。
经济性裁员：在符合《劳动合同法》第四十一条规定的情形下，如企业依照企业破产法规定进行重整、生产经营发生严重困难等，企业可以经济性裁员的方式解除劳动关系。但需注意，经济性裁员需提前向工会或全体职工说明情况，听取意见，并向劳动行政部门报告，且优先留用特定员工。若企业并轨过程中符合经济性裁员的条件，并履行了相关程序，也是合法的。
三、违法解除劳动关系的情形
未履行法定程序：若企业未与员工协商一致，也未符合经济性裁员的条件，擅自以并轨为由解除劳动关系，可能构成违法解除。根据《劳动合同法》第八十七条，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
歧视性解除：若企业在并轨过程中，以不合理的理由（如性别、年龄、种族等）歧视性解除与部分员工的劳动关系，也构成违法。这种行为不仅违反了《劳动合同法》的相关规定，还可能涉及其他法律法规的禁止性规定。
四、法律建议
对于企业：在并轨过程中，应严格遵守法律法规，确保解除劳动关系的合法性和合理性。建议企业与员工充分协商，明确解除劳动关系的条件、经济补偿等事项，并签订书面协议。同时，企业应保留相关证据，以备不时之需。
对于员工：若企业以并轨为由解除劳动关系，员工应首先了解自己的权益和法律法规的相关规定。若认为企业的解除行为违法或不合理，可以与企业协商解决；协商不成的，可以向劳动争议调解委员会申请调解或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。必要时，还可以向人民法院提起诉讼。
总结来说，企业以并轨方式解除劳动关系是否合法，取决于是否符合法律法规的规定和法定程序。若企业能够遵循相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害，那么并轨解除劳动关系是合法的；反之，则可能构成违法解除。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。